引导区电脑病毒90年代中期，最为流行的电脑病毒是引导区病毒，主要通过软盘在16位元磁盘操作系统(DOS)环境下传播。引导区病毒会感染软盘内的引导区及硬盘，而且也能够感染用户硬盘内的主引导区(MBR)。一但电脑中毒，每一个经受感染电脑读取过的软盘都会受到感染。
引导区电脑病毒是如此传播：隐藏在磁盘内，在系统文件启动以前电脑病毒已驻留在内存内。这样一来，电脑病毒就可完全控制DOS中断功能，以便进行病毒传播和破坏活动。那些设计在DOS或Windows3.1上执行的引导区病毒是不能够在新的电脑操作系统上传播，所以这类的电脑病毒已经比较罕见了。
典型例子：
Michelangelo是一种引导区病毒。它会感染引导区内的磁盘及硬盘内的MBR。当此电脑病毒常驻内存时，便会感染所有读取中及没有写入保护的磁盘。除此以外，Michelangelo会于3月6日当天删除受感染电脑内的所有文件。
文件型电脑病毒
文件型电脑病毒，又称寄生病毒，通常感染执行文件(.EXE)，但是也有些会感染其它可执行文件，如DLL,SCR等等...每次执行受感染的文件时，电脑病毒便会发作：电脑病毒会将自己复制到其他可执行文件，并且继续执行原有的程序，以免被用户所察觉。
典型例子：
CIH会感染Windows95/98的.EXE文件，并在每月的26号发作日进行严重破坏。于每月的26号当日，此电脑病毒会试图把一些随机资料覆写在系统的硬盘，令该硬盘无法读取原有资料。此外，这病毒又会试图破坏FlashBIOS内的资料
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