1.2 使用仪器和试剂
1.2.1 使用仪器
高压蒸汽灭菌锅,HPS-250生化培养箱,5417-R型Eppendorf 离心机(德国),电泳仪DYY–8C型(北京优一仪器厂),DYY-III-31A型水平电泳槽(北京市优一仪器厂),TU-1810紫外可见分光光度计(上海精密科学仪器有限公司),干式恒温器(杭州奥盛仪器有限公司),TP600型梯度PCR仪(日本Takara公司),FR-200紫外与可见分析装置(上海复日科技有限公司)。
1.2.2 所用试剂
半纤文素,酵母粉,微量元素,氯仿-苯酚混合物,异丙醇, 乙酸铵, 75%冰冷乙醇, 37%甲醛,甲酰胺,溴乙锭(0.5g/mL), (NH4)2SO4,Mg2SO4•7H2O,10×PBS(Na2HPO4 11.5g, KH2PO4 2g, NaCl 80g, KCl 2g溶于1L灭菌去离子水中,1×PBS的pH为7.4),DEPC水(二乙基焦碳酸盐, diethyl pyrocarbonate), 5×甲醛胶缓冲液{ 0.1mol / L MOPS [ 3—(morpholino) propanesulfonic acid ] pH7.0;40 mmol ∕ L 乙酸钠;5mmol ∕ L EDTA , pH8.0},细胞裂解液{内含CBS(柠檬酸/十二烷基肌氨酸钠/ β-巯基乙醇)},RNA抽提用的Takara试剂盒(日本Takara公司),EDTA;琼脂糖(英国);反转录试剂盒(日本Takara公司);PCR扩增试剂盒(日本Takara公司);TBE缓冲液,250bp-DNA-Ladder-Marker(日本Takara公司)等。
1.3 准备实验
对有关器皿及试剂的处理,按照有关文献所述进行[6]。
1.4 总RNA的提取
总RNA的提取 使用Chomczynski和Sacchi[10]所提出的酸酚抽提法并略作改动。将培养液中的菌丝体转移至三层纱布上,并用上述无菌预冷PBS缓冲液反复冲洗。取出菌丝体,置于无菌的多层 “新华1号”滤纸之间,吸干多余的液体。用灭菌牙签迅速将菌丝体(大约0.4g)转移至已经DEPC处理过的20 mL玻璃研磨器中,加入6 mL预冷的RNA抽提裂解变性液{25g异硫酸氰胍,溶于33mLCBS缓冲液},研磨,直至研磨液呈均匀的浆液状。加入0.5 mL 2 mol/L 的HAc-NaAc(pH 4.0)缓冲液,混合均匀。将研磨液转移至10只用DEPC处理过的1.5mL EP管中,向每只管中加入与样品等体积的(约0.6mL)酚-氯仿混合液(酚∶氯仿∶异戊醇 = 25∶24∶1),混匀,强力振荡(涡旋)20 sec,然后静置冰浴10 min,离心(10000rpm,4℃,15min),取出上层水相至另外5只经DEPC处理过的1.5mL EP管中,向每只管中加入与样品等体积的氯仿,离心(10000rpm,4℃,10-15min),取出上层水相至另外2只经DEPC处理过的1.5mL EP管中,向每只管中加入与样品等体积的冰冷的异丙醇,上下反转几次(混匀),-20℃冷冻10-20min,离心(10000rpm,4℃,15min),弃去上清夜,再向每管中分别加入0.5mL 75%的乙醇,离心(10000rpm,4℃,15min),弃净乙醇,室温下开盖静置5-10min,加100µL DEPC水,并于-20℃下保存,备用。
1.5 RNA浓度和纯度的测定
1.5.1 RNA浓度测定
取25l上述总RNA的提取液和2500l去离子水,放入石英比色皿中,混匀,分别在260nm和280nm波长下,用分光光度计测量其光吸收值(即A260 和A 280),通过计算A260 和A 280的比值测其纯度;根据其光密度值OD260的大小和RNA样品浓度计算公式计算总RNA的浓度, RNA样品浓度计算公式如下:总RNA样品的浓度(g/l)=OD260 ×核酸稀释的倍数×40÷1000
1.5.2 RNA纯度测定
在分光光度计中,260nm波长下,1 OD值的光密度相当于单链RNA浓度的40g/ml,所以RNA样品浓度计算公式为:总RNA样品的浓度(g/l)=OD260 ×核酸稀释的倍数×40÷1000. 菌丝体总RNA制备物的OD260 为0.046,所以总RNA原文请找腾讯752018766优~文-论'文.网http://www.youerw.com 浓度为:OD260 ×核酸稀释的倍数×40÷1000=0.05 ×(2500/25)×40/1000=0.184g/l。
在分光光度计中,测得OD260,OD280值分别为0.046和0.032, 所以OD260 /OD280的比值为1.44,说明总RNA纯度较低。
1.6 总RNA的甲醛变性琼脂糖凝胶电泳
采用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳对总RNA进行检测[6]。称取0.4 g琼脂糖于24.8 mL灭菌水中,加热融化,冷却至50℃后加入8mL 5×甲醛胶缓冲液{0.1 mol/L MOPS [3-(morpholino) propanesulfonic acid], pH 7.0;40 mmol/L乙酸钠;5 mmol/L EDTA,pH 8.0}和7.2 mL 37%甲醛,混匀后,待不烫时倒入胶槽中,冷却,凝固。取9μL RNA样品与4μL 5×甲醛胶电泳缓冲液、7μL 37%甲醛和20μL 10mol/L的尿素混合,65℃,保温15 min,于冰浴中速冷,加入4.5μL 10×上样缓冲液,混匀,立即将样品上样于已预电泳5 min的加样孔中,在1×甲醛胶电泳缓冲液中恒压(3-4 V/cm)电泳(本实验实际用95V),待溴酚蓝染料到达凝胶底部约1/4处时,停止电泳,将凝胶浸入含溴乙锭(0.5μg/mL)的0.1 mol/L乙酸铵溶液中染色30 min。最后用FR-200紫外与可见分析装置显像,并拍照。