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ARMS-PCR 快速检测 p53 基因外显子突变热点的快速鉴定

更新时间:2011-10-12:  来源:毕业论文
据研究统计, p53 基因与人类50%的肿瘤有关,目前发现的有肝癌、肺癌、膀肤癌、胃癌、结肠癌、前列腺癌、软组织肉瘤、卵巢癌、脑瘤、淋巴细胞肿瘤、食道癌、乳腺癌、成骨肉瘤等,人类肿瘤中 p53 突变主要在高度保守区内,以175、245、249、273及282位点突变最高,不同种类肿瘤不同,如结肠癌和乳腺癌有相似的流行病学(包括地区分布和危险因素),但 p53 突变谱并不一致.虽然在肿瘤组织中突变发生极为常见,但 p53 基因的胚系突变却较少发生。己经证实的是 p53 基因的胚系突变是导致 Li一Fraumennielmi 样综合征的明确病因。这是一种具有家族聚集性的恶性肿瘤综合征,包括乳腺癌、软组织肿瘤、骨肉瘤、脑瘤、白血病和肾上腺皮质肿瘤等。家族聚集分析显示该病为常染色体显性遗传性疾病,该病携带者的外显率在30岁和40岁时分别为50%和90%。以这种综合征为表现的肿瘤家系中,肺癌的发病率非常高。研究者发现抑癌基因 p53 的突变与该综合征密切相关,可达50%一70%。而在无上述综合征表现的家族性肺癌人群中的研究发现,携带 p53 基因的杂合性突变同样可增加肺癌的发病风险。p53 基因的胚系致病性突变虽较少发现,但 p53 基因的突变携带者却有较高的肺癌的外显率,被认为可提高肺癌的10倍的发病风险[6,8]。
   p53 基因抗癌的作用机理主要有三个方面,一是 p53 基因产物能抵消癌基因产物的有害作用;二是对过分繁殖和生长的有一定限制作用;三是促使已经癌变的细胞进入自杀途径。p53 的抗肿瘤作用主要是阻滞 G1/G0  期,使细胞不能进入 S 期,从而抑制细胞的增生。 p53 基因在DNA遭到破坏时 p53 可与细胞核内特异的 DNA 部位结合,通过氨基酸的酸性激活区激活邻近基因的启动子而促进基因的表达,对抑制细胞增生的基因起到转录激活因子的作用 p53 抑制肿瘤发生的另一途径是直接对某些基因的启动子起负调控作用 受负调控的基因多数是一些与细胞增生有关的基因[6]。原文请+QQ752018766优.文^论,文'网
p53 基因是迄今发现与人类肿瘤相关性最高的基因,北京市肿瘤防治研究所的研究确定,抑癌基因 p53 突变失活是癌症发生、发展的重要因素之一。p53 基因与人类一半以上的恶性肿瘤有关,在各种恶性肿瘤中都可观察到 p53 抑癌基因相关生化路径的失活。毕业论文http://www.youerw.com/
1.3突变检测的方法
目前检测基因突变主要采用以下几种:
① 直接测序法
在分子生物学研究中,DNA的序列分析是进一步研究和改造目的基因的基础。目前用于测序的技术主要有 Sanger(1977)发明的双脱氧核糖核酸链末端终止法,目前 Sanger 测序法得到了广泛的应用。Sanger法是根据核苷酸在某一固定的点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,并且在每个碱基后面进行荧光标记,产生以 A、T、C、G 结束的四组不同长度的一系列核苷酸,然后在尿素变性的 PAGE 胶上电泳进行检测,从而获得可见的DNA碱基序列【10】。
利用一种 DNA 聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于 ddNTP 缺乏延伸所需要的 3-OH 基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在 G、A、T 或 C 处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种 dNTPs 和 ddNTPs 的相对浓度可以调整,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用 X- 光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测[9-11,16]。
直接测序法需要获取肿瘤组织、分离肿瘤细胞、提取核酸和进行测序,耗时长,费用高,对取材和技术也都要求比较严格,因此难于应用于临床。
② 高分辨率熔解(High Resolution Melt,HRM)
高分辨率熔解(High Resolution Melt,HRM)是近几年来在国外兴起的最新的 SNP 及突变研究工具。这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限,无需序列特异性探针,在 PCR 结束后直接运行高分辨率熔解,即可完成对样品基因型的分析。这种方法因其操作简便、快速,使用成本低,结果准确,并且实现了真正的闭管操作而受到普遍的关注 [12-14]。
基于它与常规熔解曲线分析的方法类似,其操作方法也相当简便。在用HRM方法进行分析时,样品经PCR扩增后直接进行HRM,PCR产物无需再转入其它分析装置,而直接在同一个PCR管内进行分析,实现闭管操作。由于HRM完全是基于核酸的物理性质进行分析,因而无需序列特异性探针。基于这种检测原理,HRM检测不受突变碱基位点和种类的局限,既可以对未知突变进行筛查、扫描,又可以对已知突变进行分析,亦可用于短片段重复序列的分析,所需要的只是在常规PCR基础上增加一个饱和染料。所以,相比传统的SNP/突变分析法和定量探针法,简化了操作时间和步骤,大大降低了使用成本,并且拓展了其应用面。HRM在这些方面的优势使其具有极强的可操作性,成为近年来国外新兴的遗传学、方法学研究和应用热点[9,16]。
③ 反向限制性位点突变分析(inverse restriction site mutation,iRSM)

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