把该序列GI:16973022经过Repeat Masker屏蔽后，用Genscan得出了4个CDS如下表：
表1 Genscan得出了4个CDS
CDS 转录方向 长度（length）bp 编码氨基酸个数 范围
CDS_1 正向 1215 404 17811-54702
CDS_2 逆向 978 325 61251-64025
CDS_3 正向 648 215 69308-70918
CDS_4 逆向 459 152 74101-99251
图3 Genescan得出的CDS-1的组成
从图3可以看到启动子Prom （ Promoter）、起始外显子Init（Initial exon）、内在外显子Intr（Internal exon）、末端外显子Term（Terminal exon）、末端PlyA以及其长度、位置和出现的频率等等。而CDS_1的组成不包括启动子Prom （ Promoter）和末端PlyA。
图4 Genescan得出的CDS-1的序列和编码的多肽链
从图4可以看到用Genescan得出的CDS_1的序列为1215bp和编码的多肽链的氨基酸的个数为404个，CDS_2由启动子Prom （ Promoter）、起始外显子Init（Initial exon）、内在外显子Intr（Internal exon）、末端外显子Term（Terminal exon）、末端PlyA组成，CDS_3由启动子Prom （ Promoter）、起始外显子Init（Initial exon）、末端外显子Term（Terminal exon）、末端PlyA组成，CDS_4由起始外显子Init（Initial exon）、内在外显子Intr（Internal exon）、末端外显子Term（Terminal exon）、末端PlyA组成。（具体数据见光盘）
初步判断，在该序列GI:16973022中可能存在四个基因，故要针对这4个编码序列再具体分析。
3.4 在数据库中进行序列搜索ORF核苷酸序列（Blast）
对以上得出的四段CDS进行序列搜索ORF核苷酸序列（具体数据见光盘）
3.4.1 对CDS_1进行Blast软件分析本文来自优^文'论,文·网原文请找腾讯324,9114
对CDS_1进行Blast软件分析，寻找NCBI数据库中是否有与之匹配的mRNA。
操作：进入网址 http:-//blast.ncbi.nlm.nih-gov/Blast.cgi，点击nucleotide blast（用检测序列核酸搜索核酸序列数据库），然后将CDS_1的编码序列的以fasta格式黏贴在Enter Query Sequence方框中，并选择搜索范围，Datebase为 Human genomic + transcript。然后点击Blast进行数据库搜索，得出的结果如下图所示：
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