2.2 有机化合物分子结构的图形化
有机化合物分子的结构式是原子通过化学键的连接而构成的，如果一个有机化合物分子中的每个原子和各个化学键依次用顶点集V和边集E来描述，那么，其结构就可以用一个化学图G=G(V,E)来表达。为了方便进行计算，在分子图中常常以点来表示原子，边来表示化学键，氢原子一般不标出,这种将氢原子省略的分子图就称作隐氢图[13]。例如：2-甲基戊烷的隐氢图为：
 
图1. 2-甲基戊烷的隐氢图
图中标出的数字是碳原子的一种编号，其编号次序可以是随意的。
2.3 有机化合物分子结构的矩阵化
显然，有机化合物分子的化学图是不能被计算机直接识别，因此，必须把化学图形转变为数值不变量，其中的距离矩阵[14]是对化学图最重要、也是最直观的一种表达方式，它是一个n×n 阶的方阵，可以用来表示有机化合物当中各个顶点原子之间的距离关系。距离矩阵D={dij}，定义为:
      0               i、j相同
dij=   
 i、j之间的距离   i、j不同
那么，2-甲基戊烷分子的D矩阵即为：
D=
图2. 2-甲基戊烷分子的D矩阵
2.4 有机化合物分子结构的数值化
分子拓扑指数是用来表征分子结构数值化最有效的方法之一。然而，由于有机化合物的分子结构一般都十分的复杂，仅用单个分子拓扑指数是很难实现有机化合物分子良好的结构选择性和较高的性质相关性。因此，本文使用多个分子拓扑指数对有机化合物的结构进行数值化描述。 用图论方法研究化合物的闪点(2):http://www.youerw.com/huaxue/lunwen_37367.html