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扫描探针显微镜大多以扫描隧道显微镜和原子力显微镜为主。跟探针式轮廓仪不同的是，它们的探针不会接触到被测表面，但是探针距离被测表面依然还是很近，两者相距只有几个埃。同时，高空间分辨率也是这两种扫描显微镜唯一的共同之处，但是它们在测试时很容易受外界因素的影响，因此对于外部环境的要求就会十分苛刻，适用范围也是遭遇了重大的影响。

扫描共焦显微镜是使光源、样品表面的被测物点和探测器位于不同的共扼位置，其光路如图2。1所示，从光源发出的光线在通过物镜后，入射到了物面，各路光线会在物面上形成一个衍射极限的光点，之后光线在物面上发生反射，反射的光线到达分光镜时，光线会被分光镜反射并经过针孔进入探测器内，同时探测器前的针孔起到了空间滤波器的作用，因此只有是经过物镜焦点反射回来的光线才会被探测器所吸收，除此之外的光线都会被针孔所过滤掉，最后利用扫描聚焦点在物面的位置就可以作出它的三维图像。扫描共焦显微镜的特征是拥有很高的垂直分辨率以及高强度的抗散射能力，但是它对针孔的尺寸和位置要求十分严格，而且测量的范围也有限。