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钟山书院的学术发展与当时清朝的学术演变息息相关。清初统治者为了巩固统治，禁锢、压制人民的思想，于是加强对学术领域的控制,将学术思想归入理学的范畴,把程朱理学作为封建统治的正统思想,确定程朱理学为官方哲学。但理学主张通过道德鞠躬实践，太抽象、空疏，对当时的社会没有多大用处，这就导致许多学者对理学感到厌烦。致使学者们往往反其道而行之,不同以往一般谈义理,反而专研实学。在顾炎武、黄宗羲诸大儒的引领下，学术界出现另类的崇尚汉学的思潮。在雍正这一时期，实学的风气就有所兴起，在乾嘉时期更是形成全国性的学术影响，程朱理学的主导地位受到威胁。乾嘉时，乾嘉汉学是得到大力支持的，如乾隆十年，在科举考试的最高等级考试——殿试时务策时，加入了经史方面的内容，在乾隆十六年时，上谕：“经史，学之根柢也。会城书院聚黉庠之秀而砥砺之，尤宜示之正学。”[ ]44-45这一时期，我们称之为“乾嘉汉学”。“乾嘉汉学”以训诂考据、回归儒家原点为特色，主要是重资料，学风平实、严谨，不尚空谈，治学以经学为主。当时著名的汉学大师有惠栋、戴震、钱大昕、卢文弨、段玉裁、王念孙、孙星衍等。自杨绳武担任院长开始，钟山书院就开了汉学之先机，其后，经卢文弨、钱大昕、孙星衍、朱珔等历任山长发扬光大。然而汉学是全身心的投入于古籍中寻章摘句，对古籍进行烦琐的文字考证，这一行为显然是脱离社会现实的。无疑受到一些颇有远见卓识的学者指责。在崇尚汉学的潮流下，由方苞肇始，姚鼐发扬光大的桐城学派高举程朱理学的旗帜。桐城学派坚持义理、考据、词章的治学原则，以“程朱”为道统，以“韩欧”为文统，在学术思想上与乾嘉汉学形成对立局面。主要代表人物是方苞、刘大櫆、姚鼐、梅曾亮、管同、方东树、刘开等，其中以姚鼐的贡献最大，是桐城学派的集大成者。姚鼐主讲书院时，以钟山书院为基地，从真正意义上建立了桐城派，并予以发展、壮大。

在学术的发展、流派的传衍、学风的形成过程中，书院身为知识分子的聚集之地，主要通过掌教及著名学者的学术提倡、学术示范和来自不同地区有着不同背景的生徒间的传播和相互影响，发挥着重要的作用。