油菜NADH脱氢酶亚基9的生物信息学分析
时间:2017-06-20 21:40 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
| 摘 要：NADH脱氢酶（NADH dehydrogenase），是线粒体电子传递链中的第一个酶，NADH脱氢酶亚基9 是NADH脱氢酶的第9条肽链。本论文通过生物信息学方法对油菜NADH脱氢酶亚基9 进行基本理化性质、二级结构预测和三级结构建模等分析，以了解其相关结构和功能信息，为研究两者的关系提供理论依据。结果表明，该蛋白含190个氨基酸，与其他物种的氨基酸序列有很高的相似性，该蛋白序列无跨膜区域，属于分泌性蛋白，该蛋白N端序列不存在任何信号肽序列，含有多个不同的磷酸化位点，定位于细胞质；存在1个较小的不稳定区，在3-138、147-186处形成潜在球形蛋白区。另外，模建的Nad9蛋白结构品质较高，由3段α-螺旋和4组β-折叠结构，是一个典型的α/β类蛋白，表面呈弱正电势分布，油菜Nad9蛋白具有4种不同模体序列，可能参与不同生化反应或执行不同的功能。这些研究结果为深入探讨油菜NADH脱氢酶亚基9蛋白的结构和生物学功能提供参考。10444 关键词：油菜；NADH脱氢酶亚基9蛋白；生物信息学 Bioinformatic analysis of NADH dehydrogenase subunit 9 protein in Brassica napus L Abstract:NADH dehydrogenase, is the first enzyme of the mitochondrial electron transport chain, NADH dehydrogenase subunit 9 is NADH dehydrogenase in the IX peptide chain. This article aims to analyze basic physical and chemical properties, secondary structure and tertiary structure modeling of NADH dehydrogenase subunit 9 in Brassica napus L using a bioinformatics approach to understand the related information between structure and function. The results showed that the protein, containing 190 amino acids, has higher similarity to homology protein of other species. There has not transmembrane helix region and signal peptide sequence in AA sequence, is secreted proteins. It comprises a plurality of different phosphorylation sites and located in the cytoplasm. There is a small disorder area and the larger potential globulin area forming in the 3-138 and 147-186. Furthermore, the tertiary structure and surface potential model of the protein was built. This study provided the reference for depth study structure and biological function of NADH dehydrogenase subunit 9 in Brassica napus L. Key Words: Brassica napus L; NADH dehydrogenase subunit 9; Bioinformatics 目 录 摘 要 1 引 言 2 1.材料和方法 2 1.1 材料来源及序列 2 1.2 生物信息学分析软件 3 2.结果与分析 4 2.1 油菜与其他植物的NADH脱氢酶亚基9的同源性分析 4 2.2 基本理化性质分析 5 2.3 油菜NADH脱氢酶亚基9的疏水性 6 2.4 信号肽分析、跨膜预测、亚细胞定位和磷酸化分析 7 2.5 二级结构、蛋白紊乱区、球蛋白区预测 9 2.6 油菜NADH脱氢酶亚基9蛋白的模体预测 10 2.7 油菜NADH脱氢酶亚基9蛋白的同源建模结果和评价 11 2.8 NADH脱氢酶亚基9蛋白的表面静电构像 13 3.讨论与结论 14 参考文献 14 致 谢 15 油菜NADH脱氢酶亚基9的生物信息学分析引 言 线粒体复合物I(NADH:ubiquinone oxidoreductase) 由NADH脱氢酶（一种以FMN为辅基的黄素蛋白）和一系列铁硫蛋白（铁-硫中心）组成。除了酵母等低等真核生物外，复合物I在绝大多数真核生物中是一个很复杂的线粒体电子呼吸链的元件。它在糖酵解、糖异生、三羧酸循环及呼吸链中发挥着不可替代的作用，其中间产物会将脱下的氢递给NAD，使之成为NADH，代谢产生的NADH经由电子传递氧化磷酸反应可产生大量ATP[1]。在真核生物线粒体中最小的复合物I由14种保守的亚基组成，而在植物中有超过40种亚基组成[2]。这些亚基大部分由核基因编码后在胞质中转录，然后转运到线粒体。在哺乳动物中的7种亚基(Nad 1～Nad6、Nad4L )和在植物的9种亚基(Nad1～Nad7、Nad4L和Nad9 )均由线粒体编码[3,4]。 (责任编辑：qin) |