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拟南芥A20/AN1锌指蛋白的生物信息学分析(2)

时间:2017-05-26 10:16来源:毕业论文
拟南芥属于十字花科,广泛用于植物遗传学、发育生物学和分子生物学的研究,是一种典型的模式植物。本文利用从NCBI拟南芥蛋白数据库下载所有拟南芥


拟南芥属于十字花科,广泛用于植物遗传学、发育生物学和分子生物学的研究,是一种典型的模式植物。本文利用从NCBI拟南芥蛋白数据库下载所有拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列,并按照序列特点、进化等进行聚类分析,对其进行基本理化性质和结构预测分析,以了解其功能,为可能的应用奠定理论基础。
1 材料和方法
1.1 材料来源
在NCBI的Protein数据库中下载拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列。
1.2 拟南芥A20/AN1锌指蛋白生物信息学分析
    利用DNAMAN进行进化分析,构建进化树;并对各类氨基酸进行聚类分析。分类后,选取各类氨基酸代表,进行生物信息学分析。
利用ExPASy网站的ProtScale(http://cn.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl)和Prot-Param(http://web.expasy.org/protparam/)分析蛋白质残基组成、相对分子质量、亲水/疏水性等;用TMHMM(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/)[7]进行跨膜结构域分析,利用EXPASY中的TargetP软件进行亚细胞定位,利用NetPhos 2.0软件预测磷酸化作用位点。
利用SOPMA软件对3种拟南芥A20/AN1锌指蛋白进行二级结构预测分析,并用Protein-BLAST 同源搜索其保守结构域,确定其可能的功能;利用GlobPlot软件(http://globplot.embl.de/)对3种拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测分析;利用Geno3D同源建模法预测蛋白质的三级结构并用视图软件Rasmol对结果可视化。并且对拟南芥A20/AN1锌指蛋白基因结构定位分析,利用EST和Unigene数据库对其进行电子表达分析。
2 结果与分析
2.1 拟南芥A20/AN1锌指蛋白的获取和进化分析
2.1.1 拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列获取
利用NCBI数据库,获取拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列,并下载。获得了13种拟南芥A20/AN1锌指蛋白的氨基酸序列。
2.1.2 拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列进化分析
    对13条序列运用DANMAN构建进化(见图1)。将这些氨基酸分为三大类,其中第一类共8条序列,包括Q9SZ69.1、O49663.1、Q6NNI8.1、Q9SJM6.1、Q94B40.2、Q9ZNU9.1、Q9LHJ8.1和Q8H0X0.2;第二类共3条序列,包括Q67YE6.2、Q9SCM4.1和Q8VZ42.1;第三类共2条,Q3EA33.1和 Q9STJ9.1。
 图1  拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列的进化树
Figure1 Phylogentic tree of A20/AN1 zinc finger protein in Arabidopsis thaliana
对这13条序列运用DNAMAN进行多序列比对,获取其序列比对图(见图2),结果表明,13条序列的相似度为28.13%,序列分化呈多样性,基本无一致性序列,即使在保守区,也表现有分歧,这表明A20/AN1锌指蛋白在拟南芥的长期进化过程中,通过不断突变(包括插入、缺失和删除等),分化出产生新成员,承担新的功能,依据这一结果,从中选择Q9SZ69.1、Q67YE6.2、Q3EA33.1作为代表, 进行以下方面的生物信息学分析,以获得对拟南芥A20/AN1锌指蛋白的深刻认识。 拟南芥A20/AN1锌指蛋白的生物信息学分析(2):http://www.youerw.com/shengwu/lunwen_7891.html
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