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2004年2月27日，教育部部长周济与河南省省长李成玉在省部共建郑州大学协议书上签字，郑州大学正式成为国家教育部与河南省人民政府共同建设重点大学，也由此成为全国第一所省部共建大学。
2007年5月30日，顺利通过教育部本科评估工作，成为教育部本科评估“优秀”高校。
2010年4月，学校被教育部评为“全国毕业生就业典型经验高校”。6月，入选教育部第一批“卓越工程师教育培养计划”高校。 [12-14]
2011年，郑州大学成为24所中国研究生院院长联席会扩大高校之一，并正式成立研究生院，翌年本科生免试推荐硕士研究生比例达到15%。
2012年11月，郑州大学入选国家“中西部高校综合实力提升工程”；同月，学校入选国家首批“卓越法律人才教育培养计划”、首批“卓越医生教育培养计划”。 [15-16]
2013年5月，入选国家第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。7月，郑州大学入选教育部首批来华留学生示范基地。 [17-18]
2015年2月，荣获第四届“全国文明单位”称号。 [19] 郑州大学发不出工资?校方回应
2016年10月10日，在郑州大学创建60周年和嵇文甫先生逝世53周年之际，郑州大学举行郑州大学首任校长嵇文甫先生塑像揭幕仪式。 [20]
继往开来
2017年
2017年1月，被教育部认定为“全国首批深化创新创业教育改革示范高校”。 [22]
2017年9月，入选首轮国家“双一流”建设高校一流大学建设高校 [21] ，郑州大学位于B类。 [177]
2017年11月，学校获评第一届全国文明校园荣誉称号。 [23] 郑州大学发不出工资?校方回应
2018年
2018年2月，郑州大学由“省部共建高校”升格为首批“部省合作共建高校”，并纳入中华人民共和国教育部直属高等学校序列。 [164-165]
2018年3月，学校获批教育部首批“新工科”研究与实践项目。 [24-25]
2018年7月，郑州大学与中国农业科学院棉花研究所签约合作共建郑州大学农学院；同月，学校被教育部评为“全国创新创业典型经验高校“。 [27-28]
2018年8月，郑州大学首次入选国家“高等学校学科创新引智计划”（“111计划”）。
2018年11月，入选教育部第一批中华优秀传统文化传承基地。 [26-29]
2019年
2019年5月15日，郑州大学华中阜外医院举行揭牌仪式。5月28日，郑州大学和洛阳市人民政府签约合建郑州大学文物考古研究院（洛阳）、郑州大学博物馆研究院（洛阳）、郑州大学龙门石窟文化遗产研究院签约并揭牌。 [166]
2019年7月12日上午，河南省大数据管理局与郑州大学共建河南省大数据研究院签约暨揭牌仪式在郑州大学新校区举行。7月13日，河南省人民医院正式挂牌郑州大学人民医院，纳入郑州大学直属附属医院体系。 [30] 郑州大学发不出工资?校方回应
2019年8月2日上午，郑州大学公共安全研究院共建签约揭牌仪式暨国家重点研发计划公共安全专项启动会在主校区举行。
2019年11月4日，郑州大学与河南省人民检察院共建“最高人民检察院检察公益诉讼研究基地”签约暨揭牌仪式在主校区举行。11月，郑州大学、中国中医科学院战略合作签约仪式暨共建“中医药智能科学与工程技术研究中心”签约揭牌仪式在主校区举行。11月5日，科技部、河南省人民政府发文批准省部共建食管癌防治国家重点实验室建设运行。郑州大学为省部共建食管癌防治国家重点实验室依托单位，主管部门为河南省科技厅。11月17日，郑州大学与中国科学院过程工程研究所共建“绿色过程科学与技术研究所”签约仪式在郑州大学北校区举行。