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基于农村集体经济组织与农民专业合作社经营机制存在的差异，农村集体经济组织更加侧重于对集体成员的保障，更加强调成员内部公平安全价值的实现，这是由农村集体经济组织作为集体所有权的代表行使主体，要实现集体所有权平等保障集体成员权益的本质所决定的；而农民专业合作社更加注重对效率价值的追求，并呈现较强的市场适应力和市场竞争力，这是合作社实现弱者联合的根本目的。同时，农民专业合作社有较为灵活的财政、金融、税收等优惠政策的扶助77，而农村集体经济组织承担着更多、更重的社会功能(如集体收益需上缴村委会、提取集体福利等)，这一差异进一步凸显了农民专业合作社的市场适应力和市场竞争力。
2．土地经营权入股农民专业合作社有更强的法律适用性
首先，土地经营权入股农民专业合作社更能契合承包地“三权”分置的权利结构。农户将土地经营权直接入股党支部领办的专业合作社，不仅可以利用农民专业合作社遵循的基本原则保障成员“入社自愿、退社自由”，而且有助于贯彻执行2018年《农村土地承包法》和2020年《民法典》规定的“土地所有权 土地承包经营权 土地经营权”之“三权”分置的权利结构，即农户仍享有完整的土地承包经营权，农民专业合作社则享有独立的土地经营权。而农户将土地经营权直接流转给村集体(或直接入股农村集体经济组织)，难以达到上述效果。因为农户将土地经营权流转给村集体，可能导致土地经营权回归于集体土地所有权或回归于代表行使集体土地所有权的农村集体经济组织，进而导致土地经营权丧失独立性。例如，西沟村几乎将全村500亩土地流转集中到村集体手中，在当下地权结构的实践中，实现了村集体在土地上的所有权和使用权或经营权的统一，农户则依据“数字化”的承包权来分享被流转土地所能获得的利益[9]。
其次，土地经营权入股农民专业合作社更能契合以其他方式承包的土地经营权及其抵押规则。集体土地入股党支部领办合作社中的“入股”，还包含为农民专业合作社创设以其他方式承包的土地经营权的实施效果，实际上相当于“发包 出资”。即集体先通过公开协商的方式向农民专业合作社发包集体土地，再将应取得的承包费出资农民专业合作社，实践中，为了操作简便，“发包 出资”两个环节被合并为一个入股环节，发包方(兼为集体股出资人)应取得的承包费则被股份及股份分红所取代。这与国有建设用地使用权或国有农用地使用权入股实际上包含出让与出资两个环节相似。国有土地使用权入股企业，相当于先将国有土地使用权出让给企业，再将出让方应取得的出让金出资企业，并以股份及股份分红代替出让金。农民专业合作社基于集体土地入股获得以其他方式承包的土地经营权，也可以按照2018年《农村土地承包法》和2020年《民法典》中以其他方式承包的土地经营权的规则行使权利，如登记后可用于抵押。若农村集体经济组织自营集体土地，其能否在代表行使所有权的集体土地上创设土地经营权用于抵押，不无疑问。因为2018年《农村土地承包法》第47条仅规定“承包方可以用承包地的土地经营权向金融机构融资担保”，未明确允许农村集体经济组织在集体土地上自设土地经营权融资担保。由是观之，农村集体经济组织入股党支部领办的专业合作社，有助于将专业合作社经营的集体土地导入现有的以其他方式承包的土地经营权规则，从而避免农村集体经济组织自营集体土地时出现土地经营权抵押的法律适用障碍。