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摘要：南极假丝酵母脂肪酶是一种被广泛应用的脂肪酶，它可以催化立体特异性以及非特异的水解、酯化和酯交换反应。如今计算机技术已经发展很成熟，在蛋白质结构预测中分子模拟发挥着越来越重要的作用。南极假丝酵母脂肪酶是本论文的主要研究对象，采用同源建模和分子对接的模拟方法研究分析该酯酶的结构。最后同源建模的合理性为98.4%，分子对接的最终打分：R型为4.3642，S型为4.3244。32012
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毕业论文关键词：南极假丝酵母脂肪酶；同源建模；分子对接
Molecular Modeling of Candida Antarctica Lipase
Abstract: Candida Antarctica Lipase is a wildly used lipase catalyzed reaction.It can catalyze specific and nonspecific hydrolysis.With the development of computer technology,molecular simulation plays an increasingly role in the prediction of protein structure.In the thesis,Candida Antarctica Lipase is the main research object.We adopt homology modeling and molecular docking simulation to study and analysis the structure of this esterase.The rationality of the homology modeling is 98.4%，the final score of molecular docking:type R is 4.3642 and type S is 4.3244.
Keywords:Candida Antarctica Lipase;homology modeling;molecular docking simulation
目录
1 绪论 1
1.1 脂肪酶 1
1.1.1 脂肪酶概况 1
1.1.2 脂肪酶的分子结构及特性 3
1.1.3 脂肪酶的催化特性 3
1.2 南极假丝酵母脂肪酶 4
1.3 分子模拟 6
1.3.1 简介 6
1.3.2 同源建模 6
1.3.3 分子对接 8
2文献综述 10
3分子模拟 13
3.1 同源建模 13
3.1.1 蛋白质序列下载 13
3.1.2 同源建模 13
3.2 分子对接 14
3.2.1 小分子和蛋白优化 14
3.2.2 分子对接 15
4 结果与分析 17
4.1 同源建模 17
4.2 分子对接 18
致谢 21
参考文献 22
1 绪论
1.1 脂肪酶
1.1.1 脂肪酶概况
从酶的化学构成上来看，酶在大致上可以分为单纯酶和结合酶这两大类，其中单纯酶的基本组成单位只有氨基酸，一般来讲它只含有一条多肽链，所以它的蛋白质结构决定着它的催化活性，类似的单纯有脂肪酶、胰蛋白酶等等。其中脂肪酶普遍存在于动物、植物、真菌和细菌中，是现代工业中最为常用的生物催化剂之一，并且已经被应用于很多方面，比如：生产去污剂、食品、香料、纯净单一的化学品、农业使用的化学品、当然还有医学药品、酯类、氨基酸衍生物等等的生物拆分方面。
酶作为一种生物催化剂，它不仅有普通化学催化剂的某些共性，与此同时还具有作为生物催化剂的一些很独特的特性。酶与一般催化剂的共性是：催化效率高而且用量还少；酶只会改变化学反应过程中的速度，但不会改变化学反应中的平衡点；酶自身在化学反应前后的性质也不会发生任何的改变；酶还可以降低反应过程中的反应活化能。作为一种生物催化剂，酶既具有高效率，温和的反应条件，又具有高专一性，正是由于这些酶的存在，在生物体内发生的化学反应才能够在常温、常压的条件下温和地进行，酶为反应的顺利进行提供了保障，在油脂加工行业、造纸技术方面、医学药品方面和日用化工等行业中，已经有大量的脂肪酶获得了广泛的应用。