基于蛋白质相互作用网络识别蛋白质复合物
摘要因为在辨别蛋白质复合物的时候，目前的方法一般都是仅仅涉及到拓扑，而没有联系到一些别的特性。因此这篇文章就将基于这个拓扑，然后引进蛋白质序列等等生物特点，目标是能够从这些特性里面深入研究蛋白质复合物的辨别问题，还要提出具体的方案来对其进行辨别，另外还要进一步研究引进的特性对于辨别能力的作用。研究主要内容包括四个方面：第一个是根据局部图聚的方法，第二个是综合拓扑以及相关序列信息的方法，第三个是综合多个数据有权图的方法，第四个是结合亚细胞相关空间信息的方法。82993
毕业设计说明书外文摘要
Title Identification of protein complexes based on protein interaction network
Abstract Because in the identification of protein complexes, the current approach is generally only involved in the topology, and not linked to some other characteristics。 So this article will based on the topology。 And then introduce the biological characteristics of protein sequences, and so on, the goal is to from these features in-depth study of protein complexes to identify problems, but also put forward the concrete scheme to distinguish。 Furthermore, we need to further study the introduction of characteristics for the ability to identify the role of。 Research includes four aspects: the first is according to poly local map method, the second is topological synthesis and method of sequence related information。 The third is multi data graph method, the fourth is combined with spatial information related to the subcellular。
Keywords Protein-protein interaction network, Protein complex, Gene ontology, Semantic similarity
目 次
1 绪论 1
1。1课题研究背景1
1。2 课题研究的目的和意义1
1。3 蛋白质复合物识别研究现状1
1。4本文研究内容2
2 基于氨基酸背景频率的复合物识别方法 4
2。1 引言 4
2。2 融合特征描述 4
2。3 多特征融合的算法描述 4
2。4 实验结果与分析5
2。5 算法识别实例分析6
2。6 本章小结7
3 结合拓扑和序列特征的有监督蛋白质复合物识别方法 8
3。1 有监督的图聚类方法8
3。2 方法描述8
3。3 复合物预测实例9
3。4 实验结果与分析9
3。5 约束指标λ对实验性能的影响10
3。6 本章小结10
4 结合多数据源信息的有权图复合物识别方法12
4。1 引言12
4。2 有权图的复合物识别12
4。3 算法描述12
4。4 基于语义相似度的有权图识别复合物13
4。5 基于置信度的有权图复合物识别14
4。6 融合语义相似性和置信度的有权图方法15
4。7 三类有权图的识别方法比较16
4。8 本章小结16
5 融合亚细胞空间信息的复合物识别方法18
5。1 引言18
5。2 基于排序策略的蛋白质复合物识别方法18
5。3 基于融合策略的蛋白质复合物识别方法19
5。4 比较本文中四种研究方法 19
5。5 本章小结20
结论 20
参考文献 23
致谢25
1 绪论
1。1课题研究背景
1。1。1蛋白质及相互作用网络
蛋白质实际上是一种多肽链，它是一系列氨基酸通过脱水的方式形成的，之后这个多肽链在弯曲以后形成了一个空间的立体结构的物质[1]。可以说，蛋白质对于人体的各大组成部分都是不可或缺的。人体想要进行一切活动，都需要蛋白质来辅助。在整个细胞的内部活动里面，最关键的就是细胞内蛋白质的反映。因此，要想更加深入的探讨生物的这些生物体的这些特点，不单单是要对蛋白质进行探究，还要进一步探究蛋白质彼此的联系。可以说，蛋白质之间互相的联系其实是有整个有机体内部全部的蛋白质的关联造成的。