茄子PAL家族基因的全基因组鉴定与分析(2)
1.3 茄子PAL家族蛋白的序列特征
除了PAL蛋白功能结构域，我们还需要阐明茄子PAL蛋白包含的保守基序以及这些保守基序组成模式。为阐明茄子PAL家族蛋白保守基序组成模式［14］，本研究利用MEME在线工具检测这些PAL蛋白的保守基序数目以及排列顺序，参数设置如下：每个蛋白序列中某个保守基序出现1或多次；保守基序长度最长为200，长度最短为6；保守基序最大数目为10；其它参数均按照默认条件执行。1.4 茄子PAL家族基因的系统进化分析
为了揭示茄子PAL家族基因的起源与进化特征，本研究除了茄子外，还选择了模式植物衣藻、小立碗藓、江南卷柏、云杉、拟南芥、水稻、番茄、土豆和茄子共42个PAL基因进行系统进化树构建［8］。具体过程为：收集这些PAL基因的编码蛋白序列，利用Clustal Omega工具(http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/)在默认条件下，进行序列联配分析［11］；然后利用MEGA软件中的邻接方法构建系统进化树，自举值设置为1000，其它参数采用默认条件。
2 结果与分析
2.1 茄子PAL家族成员鉴定
我们通过BLAST工具鉴定出了茄子PAL基因家族的成员，分别为SmPAL1、 SmPAL2、SmPAL3、SmPAL4、SmPAL5、SmPAL6、SmPAL7和SmPAL8 同时也测出他们的基因ID以及其基因匹配区段与基因长度为了更加直观的表示茄PAL基因家族成员，做了一下的表格(表1)，为确证这些基因是否为茄子PAL家族基因，我们利用Pfam工具分析这些茄子PAL蛋白的功能结构域，并确定了这些SmPAL基因均属于PAL家族成员。
表1 茄子PAL家族基因的基本信息
基因名称 基因ID号码 基因组匹配区段 基因长度
SmPAL1 CDS:Sme2.5_00209.1_g00001.1 Sme2.5_00209.1: 1-837(-1) 837
SmPAL2 CDS:Sme2.5_00864.1_g00009.1 Sme2.5_00864.1:65686-71724(1) 6039
SmPAL3 CDS:Sme2.5_03336.1_g00008.1 Sme2.5_03336.1: 76906-80656(1) 3优尔
SmPAL4 CDS:Sme2.5_11682.1_g00003.1 Sme2.5_11682.1: 11596-12907(-1) 1312
SmPAL5 CDS:Sme2.5_11682.1_g00004.1 Sme2.5_11682.1: 12962-15227(-1) 2266
SmPAL6 CDS:Sme2.5_16832.1_g00001.1 Sme2.5_16832.1: 14-1392(1) 1379
SmPAL7 CDS:Sme2.5_16832.1_g00002.1 Sme2.5_16832.1: 7066-7685(1) 620
SmPAL8 CDS:Sme2.5_29581.1_g00001.1 Sme2.5_29581.1: 346-879(1) 837
2.2 茄子PAL家族基因的结构特征
茄子PAL基因家族成员的基因结构除了SmPAL6外均含有上游或下游序列（内含子），并非全部的蛋白编码序列（外显子），SmPAL1含有一小段上游编码序列，不含有下游序列，它的基因结构是由百分之二十的上游序列和百分之八十的蛋白序列组成，整条基因片段大致有500个碱基对组成，相似的SmPAL4、SmPAL7、SmPAL8也是仅含有一小段上游序列和大段的蛋白编码序列组成，不同的是他们的所含有的碱基对差异较大，SmPAL4大致含有一千左右的碱基对，而SmPAL7与SmPAL8喊得碱基对相对较少，只有SmPAL4得一半左右。对于SmPAL2、SmPAL3、SmPAL5这几个PAL基因家族成员的基因结构的差异性相对较大，SmPAL2不仅含有上游片段还含有大段区域的起始序列，他的基因就结构含有三段蛋白编码序列区，这三段的长度大约分别由300、200、1300左右的碱基对组成，在这个基因片段中，起始序列与蛋白编码区成间隔排列。SmPAL3则只含有两段蛋白编码区，一段处于上游序列的下方，而另一端则存在于整条片段的尾部，尾部的蛋白几乎占整条基因的长度的二分之一。而对于SmPAL5，它的结构组成与SmPAL4、SmPAL7、SmPAL8相似，不同的是SmPAL5的上有区域所占的比例占总长度的三分之二，而大白白编码区占三分之一。针对茄子不同的PAL基因家族成员，他们的基因结构也存在着很大的不同，而结构的不同往往会使得他们的表达结果也不尽相同，所以可以推测相同的机制中，它们所起到的作用也是相差很大的。根据以上的描述可以知道，茄子PAL基因家族成员中，含有不同的内含子和外显子个数，以及它们所处的相位及长度也能够明确地表达出来。
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