短根瘤菌属多酚氧化酶的生物信息学分析(2)
1 材料和方法
1.1 材料来源
在NCBI的Protein数据库中查询获得3条短根瘤菌属多酚氧化酶蛋白序列，如下:
>gi|504304904|ref|WP_014492006.1| polyphenol oxidase [Bradyrhizobium japonicum]
MTLASSLLSAVPGLRHAFFTRDGGVSGGIYSALNGGLGSNDDPAHVAENRRRMAEHVGVAPERFISLHQIHSPDVLVAEAPWPSGPRPKGDALVTKTPGIALGVSTADCGPVLFVDPNARVIGGAHAGWKGALTGVLEQTISAMEKLGATRGGIIAAIGPLIRQDSYEVGNEFVARFIEADADNAVFFIPSVRAGHAMFDLAGFIRKRLEAAGILMIDDLGLDTYADERFFSYRRSVHRKEPDYGRHIHAIALEG
>gi|522096952|ref|WP_020608161.1| polyphenol oxidase [Bradyrhizobium japonicum]
MMTVASSLLSAVPGLRHAFFTREGGVSGGIYAALNGGLGSNDDQALVAENRRRMAEHVGVAPERFISLHQIHSPDVLIAELPWPSGPRPKGDALVTKTPGIALGVSTADCGPVLFVDPNARVIGGAHAGWKGALTGVLESTISAMEKLGATRGGIIAAIGPLIRQESYEVGNEFVARFIEADADNAVFFIPSVREGHAMFDLAGFIRKRLEAAGILMIDDLGLDTYADERFFSYRRSVHRKEPDYGRHVHAIALEA
>gi|515300819|ref|WP_016844498.1| polyphenol oxidase [Bradyrhizobium elkanii]
MTLGSPLLSAIPGLRHAFFSREGGVSEGIYAALNGGLGSRDDPAKVAENRRRMAEQLGVPLDHLVSVHQVHSPDVVVVTGPWNGAARPKADALVTRSEGLAISVTTADCGPILFVDPNARVIGAAHAGWKGALTGVLESTIDAMEKLGAERGGIVAAIGPLIRKESYEVGNEFVERFIEADAENGMFFMPAERDGHAMFDLAGFIRMRLENAGVLMIDDLGIDTYSDERCFSYRRSVHRKEADYGRLVHAIALES
1.2 生物信息学分析软件
利用ExPASy网站的Protparam（http://web.expasy.org/protparam/）分析短根瘤菌属多酚氧化酶的氨基酸数目、氨基酸组成、等电点、分子式、亲水性等。利用TMHMM软件（http://www.cbs.dtu.dk/ services/TMHMM-2.0/）进行跨膜区预测；利用NetPhos2.0进行磷酸化分析；利用 EXPASY网站的SOPMA软件对几种短根瘤菌属多酚氧化酶的二级结构进行预测分析[9]。
利用GlobPlot软件（http://globplot.embl.de/）对短根瘤菌属多酚氧化酶蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测分析；利用EXPASY数据库的GENO3D(http://geno3d -pbil.ibcp.fr/cgi-bin/geno3d)对短根瘤菌属多酚氧化酶的三级结构进行预测分析；利用DNAMAN进行进化分析，构建进化树[11]。
2 结果与分析
2.1 生物信息学分析
2.1.1 基本理化性质分析
对短根瘤菌属多酚氧化酶基本理化性质进行预测，结果如（表1）（表2）所示>gi|504304904分子式为C1209H1897N349O352S6.分子量为 27415.8理论等电点（pI）为6.19，有255个氨基酸，包括20种氨基酸，含量最高的是Gly（11.8%）和Ala（12.9%），含量最低的是Cys (0.4%) 和Trp(0.8%)，带负电荷的氨基酸残基29个（包括Asp，Glu），带正电荷的氨基酸残基25个（包括Arg，Lys），该蛋白质总平均亲水系数为0.008，为亲水蛋白质，消光系数为18450，脂肪系数为91.53，不稳定系数为33.01，为稳定蛋白质。>gi|522096952分子式为C1219H1920N348O355S7，分子量为 27355.1，理论等电点（pI）为 5.99，有256个氨基酸，包括20种氨基酸，含量最高的是Ala(12.9%)和Gly(11.3%)，含量最低的是Cys (0.4%) 和Trp (0.8%)，带负电荷的氨基酸残基30个（11.7%，包括Asp，Glu），带正电荷的氨基酸残基25个（9.7%，包括Arg，Lys），该蛋白质总平均亲水系数为0.053，为疏水蛋白质，消光系数为18450，脂肪系数为93.83，不稳定系数为31.11，为稳定蛋白质。>gi|515300819分子式为C1206H1910N348O363S10，分子量为 27413.1理论等电点（pI）为5.39，有255个氨基酸，包括20种氨基酸，含量最高的是Gly（11.0%）和Ala（12.2%），含量最低的是Cys (0.8%) 和Gln(0.8%) 和Trp(0.8%)，带负电荷的氨基酸残基35个（13.8%，包括Asp，Glu），带正电荷的氨基酸残基26个（10.2%，包括Arg，Lys），该蛋白质总平均亲水系数为-0.035，为亲水蛋白质，消光系数为18575，脂肪系数为91.10，不稳定系数为29.23，为稳定蛋白质。
下一篇：白芨有效成分的提取及功效评价