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明清时期，对大运河进行疏浚与系统的管理，建立一套完整而固定的漕运管理制度，淮安处于大运河中段，成为南北货物运输的中枢。此外，内河运输制度确立后，需要大量的漕船及对漕船进行修理维护，有载“缘永乐初江南粮饷民送于淮，官军运船俱于淮安常盈仓转输，此厂之所由建也。况长淮分天下之中，北达河泗，南通大江，西接汝蔡，东近沧溟，乃江淮之要津，漕船之喉吻。船厂之建，非但便于转输，实乃我国家一统之訏谟，万世之长计也。”[11]卷一建置P32于是，当时总督漕运的总兵官陈瑄遂沿清江浦河“查闲旷之地建盖厂房，令各卫所官旗鳞次而居，以为造船厂。”[11]卷一建置P33其“造船场地沿清江浦河南岸排开，从淮安板闸到韩城，连绵20余里。”[12]P19 清江督造船厂后来发展到拥有京卫、卫河、中都、直隶四个大厂，成为当时全国最大的内河漕船厂，淮安也因之成为当时全国的漕船制造中心。
从春秋末年邗沟的开凿到隋代大运河的开通，及至元代京杭大运河的全线贯通，再到明清时期对大运河的疏通，淮安一直处于沟通南北的交通枢纽之地，其交通优势也随着历次的水运工程的建设不断加强。从魏晋南北朝时期开始的经济重心南移，使得江南地区越来越成为财赋重地。至南宋时期，经济重心南移进程完成，江南成为国家贡赋的支柱，漕运在国家经济中的地位也越来越重要，地处南北水路交通要津的淮安在漕运中扮演了非常重要的角色。
二、明清时期淮安段运河的利用与维护源.自|优尔,:论`文'网www.youerw.com
（一）、明清时期淮安段运河概况
元代在中原的统治时间虽然不长，但在这不长的时间里，它开凿了济州河、会通河和通惠河，使得从杭州到大都的京杭大运河开始实现全线的贯通。由于会通河等是属于新开的河道，水量常常不足，且岸窄水浅，载重漕船在这搁浅，难以通过。另一方面，大都离海比较近，海运就成为当时朝廷的最佳选择，因此，终元一代内河的漕运量一直较小。明清却因此而受益，可以说，元代花费巨大的时间与精力开凿的运河，实际上更多的是起到了前人栽树后人乘凉的作用。
至明朝时，运河运输才再次得到重视。明朝初年，明太祖朱元璋建都南京，漕粮运送的路程比较短，且取粮也便捷，对运河的依赖程度不高，因此运河并没有引起统治者足够的重视，也就没有对其进行疏通。明初仍然采取的是海运，且多为军事所需。永乐帝朱棣即位后，迁都北京，北京远离江南贡赋之地较远，运河的价值开始为统治者所重视。公元1415年，明政府重新疏浚了会通河，罢海运，转河运，确立了内河运输漕粮的制度，此后直至清末，中间也偶尔也加入了海运，但基本上是在河运淤塞不通的情况下才迫不得已采取的，海运成为了河运的替补品。明代始终是以“河为正运，海为备运。”[13]卷56 食货四因此，明清两代是漕运发展的鼎盛时期，也自然是漕运制度的完善期，清承明制，其在明代的漕运制度的基础上又不断加以完善。
明代的漕运制度是在三次漕运变化中逐步建立起来的。《明史·食货志》云：“自成祖迁燕，道里辽远，法凡三变，初支运，次支运、兑运相参，至支运悉改为长运而制定。”[13] 卷七十七 食货志经过这三次改革，漕运内河运输制度于明代正式确立起来。
自明中叶黄河全流夺淮后，由于黄河携带大量泥沙，导致河床不断淤高。黄河暴涨之时，河堤经常性的溃决。黄淮决溢给两岸的农业生产造成了极大的破坏，还导致许多淮、泗两岸的城镇被淹没。明清两朝尤其加大了对黄、淮的治理，以保证漕运的畅通。明万历年间的潘季驯以“束水攻沙”、“蓄清刷黄”之策在清口以上以堤坝固定河床，使河床断面相对缩窄，利用加大的水流速度冲刷淤积的泥沙。清代水利专家靳辅在继承潘季驯的“蓄清刷黄”之策的基础之上又加以发展，即对清口以下河道加以疏浚，同时改变运口，迂曲河身，以防黄水倒灌。从明至清中叶，虽然黄淮经常决溢，但大多能及时较快的修复，保证了漕运河道的畅通，因此运河沿线的一些重要城镇的经济有时虽受影响，但大都能较快的恢复。