太阳能发电与燃油发电或核发电不同，当海上环境发生变化时，比如突然太阳被云层遮蔽的情况，太阳能发电的输出功率也将发生变化，如果此时没有其他应急调峰电源，将会产生电压波动，使得线路的潮流发生变化，增加了闪变的概率，例如船舶内的灯光将会闪烁。但是考虑到船舶电力系统中主要能源是燃油和核能，太阳能发电出力相比前者较少，所以合理配置容量后，这种电压波动的影响较小。此时如果采用飞轮或者超级电容器作为储能装置配置电力电子设备，将可以有效抑制由于海洋环境的变化所带来的电网电压的波动[30]。

除此以外，舰载太阳能发电系统也会对继电保护、电气设备的运行等产生不利影响。