关于农民工权益保障缺失的原因研究，对农民工权益保障缺失的原因诸学者们给出了不同答案。关春节在《城乡统筹发展进城中农民工权益保障问题研究》一文中把农民工权益缺失的原因概括为经济社会发展水平客观限制、城乡户籍管理制度的二元化、劳动就业制度的缺陷、政府管理服务不到位、义务教育制度和培训机制不合理、相关法律缺失或执行不力、其他社会群体对农民工的认识存在偏差、农民工的文权意识和法律意识薄弱、参加工会组织比率低、存在自卑心理等。谭勇在《构建和谐社会进城中农民工权益保障问题研究》一文中认为农民工权益受损的原因主要有观念歧视及行为失当、制度障碍、市场因素农民工自身因素。马新丽在《关于文护农民工权益问题的研究》一文中把农民工权益受损的原因分成法制不健全、城乡二元结构安排不合理、企业追求利润的本性、农民工素质较差、社会观念社会歧视等几项。
关于当前农民工权益保障所存在的突出问题研究，钱亚仙在《湖北行政学院学报》2005年第5期所发表的《农民工权益保障与政府责任》一文中指出，当前农民工权益保障主要存在以下几个问题：首先是就业权利不平等、就业限制多。农民工进城打工,首先遭遇的就是就业歧视。加之户口、身份的限定，农民工只能进入城市的“次属劳动力市场”，从事的多是“脏、险、苦、累、差、重”的工作，许多人面临随时被解雇的命运。二是劳动合同签订率低且不规范。在户籍严格管理的城市，农民工是一个松散组织，处于社会的最底层，几乎没有任何同雇佣方讲价钱的资本，连最起码的劳务合同也无法签订，即使签订合同，也往往是企业为了自身的权利而规定农民工的义务，在已签的劳动合同中存在许多无效条款和霸王条款，有的企业主甚至强迫农民工签订生死免责条款。三是工资报酬得不到保证。农民工由于没有城市户口而在身份上低城市居民一等，没有资格成为正式职工，不能成为工会会员，“同工不同酬”、“同工不同时”、“同时不同权”的“三同三不同”现象相当普遍。一些地方还不断出现农民工们讨薪不成、告状无门反遭欺凌殴打的案件。同时，超时工作或加班得不到应有报酬的现象也普遍存在。四是子女受义务教育权缺乏保障。农民工子女在城市上学经历了从受排斥到自我解决再到有限接纳三个阶段。目前，农民工子女上学主要有三条途径：一是高价进入私立学校，这部分的比例非常小，只限于很少部分在城市发了财的农民工的子女。二是进入了公办学校，由于多数城市都要向农民工子女收取价格不菲的借读费，所以这部分比例也不是很大。三是进入农民工子女简易学校，或称外来务工人员子弟学校，这类学校虽然很受欢迎，但由于一直未被正式制度所接纳和承认，一直在非法状态下生存和发展，经常受到各种清理、整顿和强行拆散、取缔。
关于农民工权益保障问题的对策，李海燕在其2011年的硕士论文《中国农民工权益保障制度研究》一文中指出，民工权益保障制度改革应以制度需求主体，即农民工的现实需求为切入点，以诱致性制度变迁为先导，强制性制度变迁为补充的方式进行。首先，要坚持以人为本的原则。在解决农民工权益问题的过程中坚持“以人为本”，就是要坚持以广大农民工的根本利益为本，从农民工的实际需要出发，尊重农民工的主体地位，及农民工所急，想农民工所想，不断为其营造良好的社会环境。第二，要坚持公平正义原则，促进社会公平与正义贯穿于构建和谐社会的始终，坚持公平与正义最关键的是社会各阶层之间的关系要和谐。农民工是我国社会的一个重要阶层，必须要处理好其与其他社会阶层之间的关系，保持社会利益的均衡。第三，要坚持政府主导原则。农民工权益保障制度是一种准公共产品，不仅具有经济功能和社会价值，而且具有广泛的政治文化性。关系到政府其他各项工作的进行。因此，政府在农民工权益保障制度改革中发挥主导作用，承担起改革的责任，借助于国家强制力，弥补诱致性制度变迁的不足。 农民工权益保障国内外研究现状(2):http://www.youerw.com/yanjiu/lunwen_4838.html