一、课题的任务内容:对埃切毕赤酵母的醇脱氢酶进行同源建模和分子对接二、原始条件及数据:
实验室配置了2台戴尔高性能工作站,专门用于生物信息学计算,可以进行生物大分子的模拟、通过其3D结构进行蛋白质的同源建模、分子对接,以便进一步研究酶的催化机理,为半理性筛选目的基因及其对酶进行改造奠定基础。78844
三、设计的技术要求(论文的研究要求):
1、学会使用NCBI、PDB数据库
2、对序列比对、同源建模、分子对接有一定了解。
四、毕业设计(论文)应完成的具体工作:
1、熟悉使用NCBI、PDB数据库
2、熟练掌握同源建模和相关的分子模拟技术
软硬件名称、内容及主要的技术指标(可按以下类型选择):
图 纸
电 路 板
机 电 装 置
新材料制剂
结 构 模 型
其 他
1。 沈伟艺, 沈钟城, 胡峥, 林勇利, 王均明。 (S)-1-叔丁氧羰基-3-羟基哌啶的合成[J]。 中国医药工业杂志, 2013,5: 436-438。
2。 竺伟, 王波, 吴会, 李兵豪等。 (S)-1-叔丁氧羰基-3-羟基哌啶的化学-酶法合成[J]。 中国医药工业杂志, 2015, 46(4)。
3。Xin Ju, Junhua Tao, et al。 Development of a Biocatalytic Process to Prepare (S)-N-Boc-3-Hydroxypiperidine[J]。 Organic Process Research & Development。 2014, 18: 827−830。
4。Zhu Wei et al。 Preparation of (S)-N-tert-butoxycarbonyl-3-hydroxypiperidine with immobilized whole cell[P]。 中国, 104059952。 2014-09-24。
5。Trevor M。 Penning。 The aldo-keto reductases (AKRs): Overview[J]。 Chemico-Biological Interactions。2014。
6。 欧阳芳平,徐慧,郭爱敏等。 分子模拟方法及其在分子生物学中的应用。生物信息学,2005。
7。朱伟平。 分子模拟技术在高分子领域的应用。 塑料科技, 2002。5。
8。Lei Huang, Hong-Min Ma, Hui-Lei Yu, Jian-He Xua。 Advanced synthesis & catalysis[J], Altering the Substrate Specificity of Reductase CgKR1 from Candida glabrata by Protein Engineering for Bioreduction of Aromatic α-Keto Esters。 2014, 356, 1943–1948。
六、进度安排:(设计或论文各阶段的要求,时间安排):
1-3周:查阅文献,撰写开题报告;4-5周:在研究生指导下,熟悉数据库的查阅; 6-8周:序列比对;9-12周:同源建模; 13-16周:分子对接; 17周:整理实验数据,撰写毕业论文,准备论文答辩; 18周:毕业论文答辩。
埃切毕氏酵母醇脱氢酶分子模拟任务书:http://www.youerw.com/renwushu/lunwen_90983.html