1.3 拟南芥与水稻AAAP基因的序列特征分析
    为阐明拟南芥和水稻AAAP基因的结构，笔者利用GSDS[15]工具对这些基因的基因组序列和编码序列进行了比较，鉴定出基因的剪切位点，并绘制这些基因的结构图。同时，利用MEME软件[16]对这些基因编码的AAAP蛋白保守基序组成模式进行分析，参数设置如下：保守基序长度范围为6-200个氨基酸，保守基序个数范围为0-20个，期望值E<1e-5，其它参数均为缺省值。
1.4 拟南芥与水稻AAAP染色体定位与扩增模式分析
为将拟南芥和水稻AAAP家族基因定位在相应的染色体上，以每个基因的核酸序列为探针，利用BLAST工具搜索这些基因在染色体上对应的靶点，最后将这些基因定位在染色体上。除了基因在染色体上的位置，基因的扩增模式亦是阐明基因进化过程的重要指标。一般而言，基因扩增模式分为：串联扩增、片段扩增、串联与片段扩增、转座子介导扩增等模式。本研究围绕AAAP家族基因，只对前3种扩增类型进行分析，其它扩增模式均归为其它类型。
1.5 拟南芥与水稻AAAP基因的进化分析
AAAP家族基因进化最明显的特征就是最近重复基因是否发生了功能分化，也就是说成对的旁系同源基因是否经历适应性进化。本研究利用PGDD数据库中Locus Search工具鉴定出拟南芥和水稻AAAP家族成员的旁系同源基因对，这些基因对具有较高的序列相似性以及较好微共线性。随后，利用JCoDA软件[17]中的滑动窗口方法检测旁系同源基因对进行选择压力检测，利用旁系同源基因对的ω平均值，判断这些同源基因对是否经历适应性进化。
1.6 拟南芥与水稻AAAP基因的表达谱分析
为了阐明拟南芥和水稻AAAP家族基因的表达情况，本研究从NCBI网站的GEO数据库中下这些AAAP基因的芯片数据，经过处理后，利用Cluster[18]工具对表达数据进行聚类分析，其热图由HEMI[19]工具绘制。 拟南芥与水稻AAAP基因的鉴定与比较分析(2):http://www.youerw.com/shengwu/lunwen_25998.html