体积
模板 2μL
dNTPs 1μL
10×Taq酶缓冲液 2.5μL
TaqDNA聚合酶 0.4μL
上游引物 1μL
下游引物 1μL
无菌三蒸水 17.1μL
采用2%琼脂糖凝胶对扩增后的全部产物进行电泳检测,将胶上荧光条带小心切下放入干净离心管中并称重,按照相应比例向管内加入溶胶液,待其完全溶解后利用AxyPrepDNA凝胶回收试剂盒进行回收。
样本测序部分由上海凌恩生物完成,最后得到测序数据。
1.2.3序列优化与物种组成分析
根据overlap关系对经高通量测序得到的PE reads进行拼接,再使用软件Trimmomatic和FLASH对序列质量和拼接效果进行质控和过滤,得到最终优化序列并将其与Unite的真菌数据库进行比对,以ITS基因序列相似度97%为依据划分为不同的分类单元(OTU)。使用mothur软件进行OTU聚类分析并构建稀疏曲线,根据数据库中的参考序列对OTU进行种属鉴定和分类学分析。
奶牛肠道真菌群落组成研究(4):http://www.youerw.com/shengwu/lunwen_54096.html