(1)每种各取一只跳虫加入到已灭菌的1。5ml离心管内,加入180μl Buffer ACL和20μl蛋白酶K,摇晃震荡,于56℃恒温水浴1h。期间,每隔半小时拿出离心管进行摇晃混匀,防止虫体贴在管壁;
(2)加入200μl Buffer CL,充分颠倒混匀。如产生沉淀,可于70℃水浴10min;
(3)加入200μl无水乙醇,充分颠倒混匀;
(4)将吸附柱放至收集管内,用移液枪将溶液和半透明纤维状悬浮物全部加于吸附柱内,转移时,将样本表壳留在原1。5ml离心管内,加入适量75%酒精溶液,保存于-20°C冰箱中用于形态学研究。吸附柱静置2min后,以10,000 rpm室温离心1min,倒掉收集管中的废液;文献综述
(5)将吸附柱放回收集管内,向吸附柱中加入500μl CW1 Solution,以10,000 rpm室温离心30s,倒掉收集管中的废液;
(6)将吸附柱放回收集管内,向吸附柱中加入500μl CW2 Solution,以10,000 rpm室温离心30s,倒掉收集管中的废液;
(7)将吸附柱重新放回收集管内,以12,000 rpm室温离心2min,离去残留的CW2 Solution后,将吸附柱打开盖子于室温放置数分钟,晾干CW2 Solution,防止影响DNA产量和后续实验;
(8)取出吸附柱,放入一个新的1。5ml离心管内,加入50μl CE Buffer,静置3min后,以12,000rpm室温离心 2min,收集DNA溶液;
(9)将提取的DNA保存于-20℃冰箱中。
1.3.2 PCR扩增
(1)引物的选择,如表1所示:
表1 单样DNA PCR所用分子标记、引物、文献来源等信息
分子标记 引物名称 引物序列(5’→3’) 长度(bp) 文献来源
COI mlCOlintF-N504 AGAGTAGAGGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC 34 [9]
jgHCO219-N706 TAGGCATGTANACYTCNGGRTGNCCRAARAAYCA
(2)PCR扩增
本实验中的PCR反应体系为25μl,按下列组成进行配置:
Mix 12。5μl
上游引物 1。25μl
下游引物 1。25μl
ddH2O 8μl
DNA模板 2μl
将配置好的反应体系加入PCR管中,盖紧管口。在TC-5000(TECHNE)扩增仪上完成扩增。PCR反应程序如下:
94℃变性1min,先94℃保持40s,45℃退火40s,72℃延长1min,进行5个循环,再94℃保持40s,51℃退火40s,72℃延长1min,进行35个循环,在最后一个循环后,反应在72℃维持5min。
注意部分体型较小的虫体,若第一次扩增未能成功,可适当增加反应体系中的模版量(25μl体系中其他试剂量不变,减少ddH2O的量),以提高片段扩增成功的概率。来;自]优Y尔E论L文W网www.youerw.com +QQ752018766-
1.3.3 电泳及常规测序
(1)称取0。4g琼脂糖加入至20ml 1*TAE中;
(2)于有机玻璃胶槽上插上样品梳;
(3)将配好的琼脂糖溶液放入微波炉中加热融解至溶液透明,无白色沉淀;
(4)待不烫手后,取0。2μl溴化乙锭(EB)溶液加入至琼脂糖溶液中;
(5)将琼脂糖倒入胶槽内,使溶液形成均匀的胶层,待胶完全凝固后拨出梳子;
(6)取5μl DNA扩增产物和3μl DNA marker,使用微量移液枪分别加入样品槽中;
(7)将样品槽放入电泳池中,接通电源。控制电压保持在80-100V,电流在90mA左右。电泳20分钟左右; 跳虫的宏条形码技术应用初探(3):http://www.youerw.com/shengwu/lunwen_96677.html