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2 我国政府审计存在的不足
2.1 审计体制不健全
现行的“双重领导体制”给政府审计带来了不必要的麻烦。以省级政府厅为例，它不仅受审计署的管辖，还要隶属于省级人民政府。同样道理，地县级审计机关也是这种处境，不仅要服从上级审计机关的管辖，还隶属于本级人民政府[2]。本级政府与上级审计机关的服务对象和出发点等方面存在很大差异，即便本级政府与上级审计机关都遵守审计原则，服务对象和出发点也保持一致，但因为审计职业判断本身带有很大的主观性，双方领导对同一个问题的意见的不同，处理方式的差异等，也会使本级审计机关陷入两难局面。
2.2 各级政府间事权与财权不匹配
我国是多级政府与多级预算体制导致地方政府理财行为的独立性特征尤为明显。但事实上因为地方政府自治的特殊性，往往难以实现预算的独立性。在中央和地方预算可控性能方面，地方在很大程度上受到中央的控制。地方事权与财权在最近几年有很大的差距的存在，中央政府集中了约50 ％的收入，但只有大约30 ％的支出。而地方政府的支出约占70 ％，地方政府的国家财政支出缺乏相对独立的立法和税收权，并剥夺了所有地方政府发行债券的权利。税务机关的框架式管理体制，在长期的税务实践中开始暴露出各种缺点。地方税务部门只接受上级主管部门的税务指令，虽然各级政府在探索新的税收管理体制，在此之前，为改变这种收支不均衡状态只能依靠中央财政的转移支付，或尝试非正式体制外的收费。当地政府无权筹集资金，来满足地方预算内财政收入的需要，但在系统外，却具有一定影响力的预算自主权。可以看出，收入职权配置失衡是我国的中央与地方政府预算矛盾的主要表现。这影响了我国审计的效率，不利于审计事业的发展。[3]
2.3 传统审计与绩效审计轻重不一
传统审计是对被审计单位财务报表，会计账簿等的真实性，合法性进行审计，因此被审计单位的经营成果只能得到粗略的衡量。并不能对供求关系的不平衡、垄断的产生等其他情况出具审计意见。而且传统的财务收支理论起源较早，发展全面，理论上已相对成熟。审计人员在长期的审计实践中习惯了运用传统的收支理论，并积累了丰富的实践经验，理论体系相对完善。因此,执行财务收支审计为审计人员的首选。
绩效审计是由国家审计机关综合运用各种技术与方法，侧重对政府管理活动的经济性，单位资源利用的效率性与审计的效益性进行评价，形成审计建议，得出审计结论，提高政府审计的绩效水平与行政效率，维护社会的公平正义。无论在理论上还是在实践上，绩效审计都相对不成熟，从而导致我们的审计机构审计资源分布的不平衡。因而审计报告的使用者也无法从财务收支审计报告中得知被审计单位是否获得了利润最大化；财务收支审计影响了审计评价作用的发挥,例如政府对于失业人员提供经济救助、帮助失学儿童等特殊项目,财务收支审计无法给出项目的经济性，效率性等的完整评价。尽快开展绩效审计，有利于建立有责任的政府，其作为现代审计的主流内容，是我国审计今后发展的大方向。因此,我们必须采取相应措施扭转重财务收支审计，轻绩效审计的局面。
2.4 审计组织方式不适应审计信息化的发展源'自:优尔`!论~文'网www.youerw.com
1983年审计署成立之后我国一直采取垂直管理的事业部制组织方式。我国的审计机构分为国家审计署，省级审计厅，地区审计局，县审计局，采取“分级管理”各审计部门下设各职能厅，直属事业单位，派出审计局等，由上级审计部门设置的职能部门领导本级审计各部门。在审计项目中，大多也沿用此种组织结构，即这个项目的行政上级就是该部门的责任人，负责组织该审计项目的具体实行。在审计组织的最初发展阶段，财政业务收支比较单一，管理水平低，经营规模较小，为了与计划经济体制的特点—高度集中性相适应，选择事业部制有一定的合理性。而三大改造后，市场经济体制的建立，市场开放程度逐渐加深，审计业务日益复杂化，审计业务变得越来越复杂，使得系统越来越不能适应经济社会环境发展的需求，它的缺点也开始暴露。加上计算机技术，网络技术的革新，政府审计也因为信息化时代的到来发生了变化。政府审计的组织形式向扁平化发展，当前的组织结构出现了以下问题：