PCR扩增技术连云港盐田嗜盐细菌多样性研究(2)
2.3.3 科（family）水平上菌群结构 8
2.3.4 属（genus）水平上菌群结构 10
3 讨论 11
致谢 12
参考文献 12
引言
嗜盐细菌是指生长在盐场、海水等高盐环境下的一类微生物[1]，它们分布广泛、种类丰富且具有很高的研究价值和应用前景[2]。长期的外界环境选择压力使其进化出特殊的结构、功能、遗传基因和适应机制[3-5]，如形成成分特殊的细胞膜、细胞壁或产生蛋白酶、纤文素酶等大量独特的稳定蛋白质[6-8]。同时细菌也可以通过其特殊的生命活动来影响周围环境[9]，如产生一些活性物质和大分子多聚物[10,11]。有研究表明嗜盐细菌对离子聚集和沉积有一定的积极作用[12]。微生物多样性与环境变化之间的联系一直是生物学重点关注的理论问题之一[13]，而高盐地区微生物多样性主要受环境盐含量和有机物含量的影响[14]。通过研究嗜盐细菌的群落组成和多样性，可以大致推测和评估其生活所在环境的基本特点。
盐田作为生物圈、水圈、岩石圈和大气圈的连接点，广泛分布在我国各个地区，为研究微生物和环境之间的相互作用关系提供了一个天然实验室[12]，也是历来学者研究嗜盐细菌的首选之地[15,16]。本文中研究的嗜盐细菌来自于江苏省连云港灌南县盐田，灌南县位于太平洋以西，灌河以南（119°23′E,34°12′N）。灌南盐田卤水相较于一般的普通水样，富含离子和制盐原料，以及大量嗜盐细菌群落[17]。研究连云港盐田嗜盐细菌多样性可以让我们在微生物水平上了解当地卤水环境的基本特点，完善和发展盐类工业生产技术。
近年来我国对细菌多样性的研究方法逐渐由传统培养方法向分子生物学主导的免培养方法转变，这在很大程度上提高了我国细菌多样性的研究水平，促进了对细菌多样性的深入研究进展[18,19]。本文中所采用的454高通量测序技术就是其中一种，454高通量测序技术又被称为第二代测序技术或深度测序技术。传统测序方法以基因文库构建为基础，在此基础上获取测序结果，过程较为繁琐，测序量也较低，在描述微生物群落组成方面也不够精准，导致结果的可信度较低[20,21]。而454高通量测序技术克服了传统测序方法费时费力、分辨率低、反应数量受限制等弊端，可以同时对数百万个DNA分子进行测序[20-22]，具有通量更高且测序成本和时间更低等优点，因此广泛应用于现代基因组学研究当中[23-25]。
本文利用这一技术对灌南盐场嗜盐细菌群落组成和多样性进行分析，并利用多种指数计算和表示细菌菌群丰度，多样性和测试深度，使结果更加直观可信且更有说服力。通过指数分析和菌种鉴定，我们大致了解了当地卤水环境在微生物水平上的一些基本特点，在一定程度上可以为完善连云港地区盐田卤水质量检测方案提供理论参考，提高盐田卤水质量，缩小我国与发达国家之间的盐质差距[26]。另外，研究高盐地区菌群组成，能让我国耐盐细菌物种资源得到保护和发掘，为进一步研究抗逆基因，耐盐机制等方面奠定基础[27]。
1材料与方法
1.1研究材料及主要仪器设备
本文从连云港灌南县盐田采集实验所需卤水样品。水样采集后要及时在实验室进行过滤，过滤后样品置于4°C环境下保存，备用。（采样过程中应注意操作的规范性和安全性。）
1.1.2 采样地点介绍
本文样品来自于江苏省连云港灌南县盐田，灌南县位于太平洋以西，灌河以南（119°23′E,34°12′N）。灌南盐田卤水相较于一般水样，其中富含离子和原盐材料，以及大量嗜盐细菌群落[17]。