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近年来，国内外学者一直在探索合理利用菇渣的有效途径。在农业种植栽培的研究一般集中于2 个方面: 用作农作物基肥，以自然堆制发酵为主，然后将发酵产物还田。得益于菇渣的特殊物理性质，使土壤的通透性提高，理化性质得到改善，从而达到改良土壤的效果，最终提高作物品质，增产增收; 用作栽培基质，在对蘑菇渣进行简单发酵处理后，将蘑菇渣发酵产物与其他无机基质通过一定比例混合进行蔬菜或者花卉栽培，不仅提高了产量和品质，而且降低了生产成本[8]。随着菇渣的研究和利用的不断深入，不仅可以变废为宝，而且减少了乱堆乱放所造成的环境污染，促进食用菌产业向着可持续发展方向转变。41175
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菇渣是经过一次微生物分解后的剩余物料，含有多种菌体蛋白、代谢产物以及未被利用的营养物质，与其他农作物废弃物相比是良好的堆肥原料。目前的研究中，大多堆肥条件控制都参照好氧堆肥，且主要侧重于堆肥应用效果，专门针对菇渣堆肥工艺和参数控制的研究比较少。论文网
陈光银等[9]研究发现，在堆肥时，添加未高温灭菌的蘑菇渣可以有效地加快落叶中有机质的降解，加快堆肥中碳、氮和挥发性固体的下降，有利于钾的积累，同时加快落叶中木质纤文素类的降解速度。
菇渣用于堆肥虽然具有广阔的前景，但也存在着一些问题。目前生产上堆肥大多只是加入菌剂进行简单的发酵处理，所需堆肥时间较长。孙建华等[10]在蘑菇渣堆肥中接种高温纤文菌，对蘑菇渣腐熟工艺条件进行研究，发现接种高温纤文菌后可使堆内温度迅速上升至45 ℃ 以上，并可持续18-20 d， 经过45 d 堆制，其总养分、有机质含量、pH 值和外观形状等技术指标均达到有机肥料的标准。
付盛贤等[11]通过使用土壤和蘑菇渣2种方法栽培罗汉果得出，蘑菇渣栽培罗汉果幼苗株高、真叶数分别为97.25 cm，33.75 张，比土壤栽培分别多32.10 cm，8.12 cm。蘑菇渣栽培罗汉果果实中平均可溶性固形物、水溶性总糖、甜素含量分别比土壤栽培高2.90% ,1.91% 1.60% ，达显著差异水平。此外，有研究者利用菌渣发酵后得到的有机肥进行小白菜试验，结果表明，菇渣有机肥有助于改善小白菜的生物学性状，小白菜的叶片长、叶柄长和叶片宽等性状均优于常规施肥处理，增施菌渣有机肥可使小白菜增产11.2% ，叶绿素含量提高9.3% ，可溶性糖含量提高3.9% ，营养品质得到显著改善[12]。王美琴[13]用菌渣制成有机肥进行田间试验，结果表明，施用食用菌渣能使水稻增产6. 2% -8. 3%。经济效益明显增加。朱小平等[14-15]用微生物加菌糠施于优尔椒和菠菜上，结果表明，微生物加菌糠可以促进土壤养分转化，提高优尔椒和菠菜的产量，增加营养元素吸收，以微生物加菌渣组合效果最好。