原始数据通过Proteome Discoverer（PD）软件进行分析处理。蛋白的鉴定由SEQUEST搜索引擎完成。肽段分子质量误差允许范围设置在10 ppm以内，离子碎片误差设置在在0.02 Da，允许≤2处胰蛋白酶切割位点发生错误。多肽的带电荷状态被设置为+ 2和+ 3。对于蛋白质定量，要求一种蛋白质包含至少两个特有肽段。最终只有含量变化≥1.5倍且P-value＜0.05的蛋白质被认定为显著差异表达蛋白质（differential expressed proteins，DEPs）。
1．6．4  DEPs生物信息学分析
通过运用OmicsBean网站（http://www.omicsbean.cn）和cytoscape软件对这些差异蛋白进行GO（Gene Ontology）富集，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析，蛋白与蛋白相互作用分析（Protein-Protein Interaction，PPI），寻找云南白药治疗溃疡性结肠炎的靶点相关蛋白和相关通路。
2  结果与分析
2．1  病理学评估结果
曾有报道表明，将云南白药溶解在饮用水中能够有效缓解实验小鼠的结肠炎症状。而在本实验中，则验证了云南白药中的皂苷成分对于DSS引起的UC模型确实具有减缓作用。
实验表明第四天后，饮用DSS的两组小鼠体重相对于对照组显著减轻，从第五天开始，治疗组相对于造模组减轻的程度显著变小。DAI评估也显示了相同的趋势，评分越高说明症状越严重，在第四天后，治疗组相比造模组得分显著降低，说明云南白药的治疗有效减轻了小鼠溃疡性结肠炎症状（图1，A、B）。与此同时，通过比较8天后四组小鼠的结肠长度，可以发现造模组和治疗组相比对照组长度都有减短，但治疗组明显要长于造模组（图1，C、D）。从结肠组织的病理学切片可以看出，造模组有明显的炎细胞浸润，组织完整度较低，治疗组有相同情况，但相比于造模组情况较好。组织学损伤评分情况同样显示了云南白药对DSS引起的溃疡性结肠炎有明显的治疗效果 基于蛋白质组学的云南白药治疗溃疡性结肠炎药效物质基础研究(4):http://www.youerw.com/yixue/lunwen_19539.html