构建自营物流体系后，京东商城在很大程度上掌控供应链上的各个环节，而且能够和生产、销售、配送、售后等其他业务环节紧密协作，全身心地投入服务于自身的营业发展，保证企业可以保持长期获利的局面。另一方面，由于在物流建设上投入过大，京东商城近年来呈现持续亏损的趋势，2011 年京东亏损约为 19 亿元；2012 年，假设京东商城的销售总额按照公开报道的 1000 亿元计算，也就是说整年亏损将达到 90 亿元。综合评估到京东花费在自建物流、配送人员、广告宣传和营业等方面的成本，京东的亏损率甚至会达到 9%。
    此外，正如前文中提到的，京东商城在北上广等地都是采取租用的方式来获取仓储设施和用地的使用权，这虽然在一定程度上缓解了京东物流成本的即时资金压力，在另一方面也使得其融资压力增大。尽管在自建物流体系之后，京东商城在物流配送能力、售后服务水平以及核心竞争力方面有明显的增强，但由于京东商城自身对于物流行业的不熟悉，该物流体系目前仍处于初步试水建设阶段，因此存在许多问题，例如前文提到的，盈利和融资不平衡等。尽管一方面自建物流体系确保了商品配送高效性和准确性，但自建物流花费的资本并非普通企业可以承受的，一旦企业的配送水平无法达到规模效应便会产生物流设备空置，因此配送成本相对增加，企业自身的盈利能力下降。针对大部分电商企业而言，物流不过是企业的小小后勤部，物流配送也不是企业的专项的，不过是是协助达成销售活动的个中环节。因此，若是让企业建立自营物流相当于迫使自身从事非专业的工作，管理人员通常要耗费非常多的时间、精力和资源去学习和服务这项协助性的工作．最后可能导致协助性的工作没有做好，核心的销售业务也无法使出用武之地。经过分析和评估，目前京东面临的问题主要有以下几方面。
    1、物流配送成本与压力较大
    在顾客看来，京东商城的口号--“低价正品”和“当天或次日送达”，毋庸置疑都是相当受青睐的，出于对物流配送高效性的重视，京东的订单处理也会以高效配送为首选，因此京东商城在非常长的一段时间里会面临订单快速增长但物流供应不上的情况。另外部分客户反映物流配送延迟，时有错发错送现象发生，特别是在京东商城采购大物件时，有事会发生商品长期停滞在第三方物流公司，产生延迟配送等问题，这不但使得服务质量和满意度的下降、顾客购物感受变差，还造成了高昂的物流成本，无形增大物流配系统压力。
    2、订单处理方式欠妥
    由于京东商城的绝大部分的订单都是通过自建物流系统进行处理的，为了简化操作程序，系统可能会对客户的订单私自处理，结果导致客户投诉的同时，也给企业的配送体系制造了许多麻烦。例如某些顾客同个订单内出现部分商品短缺的情况，京东商城的系统就会直接进行私自拆单，或者是等齐所有商品备齐后才开始发货，这样在管理方面上难度提升外，也导致客户满意水平也大大下降。综上所述，这种问题的出现正是因为自建物流体系的不够完善，恰恰这也是自建物流的初步阶段所无法避免的。当订单中有多个商品时，有时京东商城会分开送达，期间相隔一定的时间，多次的配送会增加成本，所以拆不拆单又是京东需要解决的新问题。
    3、交货方式影响服务质量
    基于自建物流体系，京东商城上的订单共分为三种：1）特殊订单；2）自提订单；3）普通订单。特殊订单主要是指退换货订单和位置较为偏远、难以集中地点配送的订单。对比普通订单，特殊订单的效率往往很低但成本却相对较高。而且由于不够集中，配送员等待的时间会很长，而碰上意外，不能及时提取货物的顾客只能等待下一次配送，直接地造成二次配送的物流成本。经过分析，特殊订单的客户对于及时送达的满意度甚至远远低于普通订单。而自提订单，虽然一定程度上既缩减了京东的物流成本，也增加了顾客提取货物的自由度，但由于京东商城的自提点仅仅覆盖了当地的主要区域，因为自提点使用的空间较小，对其地点的确定还有更加优化的选择。在这三种订单中，普通订单的顾客满意水平是最高的，但它走的物流环节也是最多的。原因在于不同客户对订单的要求不一，对于2天内就能收到货物，许多客户是感觉非常满意的，但像退货手续这种需要等2—3天方能办理的订单，或者是等商品上新又要两到三天客户则表示很难赞同。 电子商务环境下的自建物流配送研究(5):http://www.youerw.com/guanli/lunwen_1226.html