新型农村合作医疗保险在在多年的努力下，如今已经成为覆盖率高、发展水平乐观的保障制度。但是新农合存在报销起点高、报销比例低等制度与落实层面上的问题，农民的医疗负担依然沉重。此外，新农合以疾病报销为主，人身意外伤害的损失仍然要农民承担，其人身安全没有得到保障。
（三）新型农村合作医疗保险的报销机制
对于因为去医院看病住院治疗产生的相关费用进行报销的行为统称为住院报销。因此不包括先前门诊检查治疗费用和出院后的检查及治疗费用。拿2014年青岛平度市新农合工作指南手册举例，镇级卫生院（医院）、市级医院和专科医院；青岛市卫生局已定点的三级医院或青岛市以外二级公立新农合定点医院看病，才可以享受医药费报销待遇。中医诊疗项目报销比例90%，其他费用报销比例80%；未实施基本药物制度的一级定点医疗机构住院医药费报销比例80%；市级（含平度市以外青岛市以内）新农合定点医疗机构销比例55%。从工作手册中可知只有到已定点的三级医院或青岛市以外二级公立新农合定点医院看病才能医药费报销比例；不同等级的医疗机构所享受的医药费报销比例不同，且只有目录范围内的药品才能报销；住院报销和普通门诊、大病门诊不可同时享受报销优惠，要注意办理出院手续。医院等级众多难辨别，手续复杂，报销范围有限。
同样以青岛平度市为例子，普通门诊时参合农村居民在已定点的镇级医疗机构和村卫生室门诊就医，政策范围内的门诊费用报销比例为40％，每人每年最多报销200元，并且享受即时联网报销待遇。但是每年200的报销限额还是远远不能满足农民正常的医疗费用支出。大病门诊包含16个病种，且有严格的地点时间限制，要求众多证件手续，耗费时间长。同时因为新农村的各地规定不同，没有一个统一的标准和解决方案，涉及到跨地的医疗费用报销限制众多。
三、新型农村合作医疗保险报销机制中现存的问题
（一）乡镇卫生院利用率较低，报销比例却相对较高
现阶段大部分新型农村合作医疗保险试点地区都是乡镇当地的卫生所补偿比例最高,以鼓励农民到当地卫生所看病,但是在稍微复杂的疾病情况下，卫生所的医疗水平是无法治疗的，农民在这个情况下只能选择去更专业的医疗水平更高的医院进行治疗，花费更多的治疗费用，这与新农村合作医疗保险的初衷相违背。邓喜先（2008）在《北京市新型农村合作医疗制度住院报销模式研究》对北京市189所乡镇卫生院的调查发现，北京虽是首都，但是卫生院卫技人员总体素质却不高，呈现“三多两少”的局面，即年轻人多、低学历人员多、初级人员多，而高学历、高技术职称人员少。从病床使用率来看，在13个区（县）中，病床使用率大于60%的只有2个区，病床使用率最低的区（县）只有6.46%。说明很大一部分病床未得到很好的利用。从以上数据中可以反映出农民更加倾向于县级医院就医而不是乡镇医院。因为联合调查和现实不难看出，无论是从就医人员的学历技术还是医院的器械设备环境对比，乡镇卫生院都是难以进行重大的疾病医疗救治。
从2014年平度市新农合工作指南手册中发现镇卫生院的住院补偿比例高于一级定点以上医院的住院报销补偿比例，但镇卫生院的使用频率却是最低的。邓喜先（2008）在《北京市新型农村合作医疗制度住院报销模式研究》提到毛正中等对全国东、中、西部共 172 个试点县（市）2009 年新农合的资料分析发现，县级医院的住院人次超过了乡镇卫生院（45%对 37%），总补偿费用中，县医院补偿费用所占比例也超过了乡镇卫生院（45%对 20%），说明县医院的利用率要高于卫生院。因为农民的需求和新农合的政策优惠相互矛盾，因此在新农合实际操作中，补偿的范围和力度是远达不到农民所需要。 新农合保险报销机制及其弊端(3):http://www.youerw.com/guanli/lunwen_47164.html