MINE方法研究蛋白质复合物各因素的相关性
时间:2023-01-27 09:57 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
| 摘要蛋白质是履行生命体正常功能的关键物质之一，因此探究蛋白质-蛋白质间的相互作用是我们理解生命活动的重要途径之一。本文首先介绍了蛋白质相互作用的一些基本概念和宏观上的一些实验测定方法，之后着重探究在微观上为蛋白质相互作用做出贡献的一些因素，例如亲和能等。在探究为为蛋白质相互作用做出贡献的因素中，我们使用了MINE（非参数最大信息化法）其中的一种MIC（最大信息系数）。MIC指我们首先采样大量的数据，然后按照某一标准进行打分，我们通过这种理论分析后再辅以软件计算，可以深入理解蛋白质复合物结合的因素之间的相关联系。通过这个方法，我们可以更好的，更加深入的理解蛋白质-蛋白质间的相互作用。87217 同时，在计算过程中，我们也发现了已有的测试集存在很多为题，导致对研究因素分析出现问题。这对相关因素的继续研究提出了改进方向。 毕业论文关键词：相互作用界面；MINE；蛋白质复合物 Abstract Proteins are one of the important substances that ensure the organisms normal activities, so that exploring the protein-protein interactions is one way to analyze the life activities。 In this article, firstly, we introduce some basic conceptions and demonstration methods about protein interactions on the macro。 And then we analyze some factors contributing to protein interactions on the micro, such as affinities。 To study the factors contributing to the protein interactions we use the MIC, one kind of MINE。 By this method, we need collect a lot of data and then rank them by a given standard。 Through the theoretical analysis, accompany with running software to calculate the relationships, we can deeper understanding the relationships between factors。 By this method, we can get a better understanding about protein interactions。 At the meantime, during the calculations, we find a lot of problems in the given data sets,which would cause errors in the analysis。 So the factors that continue to study the improvement derection is proposed。 Key words: protein-protein interface; Maximal Information-based Nonparametric Exploration (MINE) Statistics; protein-protein complexes binding 目 录 第一章 绪论1 第二章 蛋白质相互作用 2。1 蛋白质相互作用介绍及研究方法3 2。2 相互作用界面-5 2。3 亲和能-6 第三章 分析算法和计算 3。1拟合模型--8 3。2计算梯度和海森矩阵-9 3。3 列文伯格法--10 3。3 MINE算法-13 3。4 数据计算-17 3。5 数据处理分析21 结束语--24 致谢--25 参考文献26 第一章绪论 蛋白质是生命组成必不可少的物质之一，蛋白质通过与其他各个分子相互作用的方式来完成各种生命活动，其中蛋白质之间的相互作用是实现生命活动的主要方式之一，例如：蛋白酶的在各种反应中的催化作用，基因的转录与表达等等。 蛋白质-蛋白质相互作用界面是蛋白质相互作用发生的地点，这些多样的相互作用有非常复杂的理化特性，并且各个贡献因素之间关系错综复杂。尽管从几十年前开始，我们已经开始着手收集大量的蛋白质结构信息并建立了蛋白质信息结构库，并且经过长时间补充与发展已经较为完备，我们已经有了一份较为完整的关于受体和配体间相互作用的详细说明。但是生命的复杂性远超我们想象，依然存在着一些“乌云”，因此我们需要更多的数据与更加精确的方法来概括与预测蛋白质相互作用中的各个因素的贡献度。 在细胞接受信号时，蛋白质会和他的伴侣分子或者其他的蛋白质分子形成复合物。蛋白质通过这种相互作用来发挥实现生命活动。在实际运用中，我们更加关注的是蛋白质的作用结果，因此更加倾向于实验验证，其中方法包括免疫共沉淀，Far-Western blotting,生物信息学,酵母双杂交系统，噬菌体展示,表面等离子体共振、荧光能量转移等几种。[1] (责任编辑：qin) |