水稻全基因组6mA修饰的功能分析(3)
时间:2018-07-04 20:52 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
1.2.3富集区间的鉴定 使用MACS2来寻找测序片段的富集区域，即callpeak过程。使用方法如下： macs2 callpeak -g 373245519 -t test.sam -c control.sam -n outfile 其中参数-g 373245519为水稻基因组；-t test.sam为实验组的SAM文件；-c control为对照组的SAM文件；-n outfile则指定输出文件地址及输出文件名。生成的文件可供下一步分析使用。 1.2.4将富集区间可视化 使用Integrative Genomics Viewer(IGV_2.3.91)可将测序reads片段在基因组上可视化观看，并以此来检查MACS2所生成的富基区间是否准确，在此过程中，使用到了以下软件方法： samtools view -bS test.sam > test.bam 作用:将SAM文件转化成二进制的BAM文件 samtools sort test.bam test_sorted.bam samtools index test_sorted.bam 之后便可生成相应的.bai文件，将.bai文件和相应的BAM文件放入同一文件夹即可在IGV中可视化打开。 1.2.5 6mA修饰与基因表达功能分析 通过MACS2获得的SAM文件和已有的水稻基因组RNA表达量数据，来对6mA修饰与基因表达的功能进行相关分析。首先将水稻基因分为两大类沉默基因和非沉默基因，之后将非沉默基因根据表达量分为五类，表达量从高到低有：Top 20%、21-40%、41-60%、61-80%、81-100%；以及沉默基因共优尔个区间。 (责任编辑：qin) |