土荆芥微卫星引物开发+文献综述
时间:2018-07-17 20:56 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
| 摘要：土荆芥被发现具有超积累重金属的功能，具备修复土壤的潜力。目前土荆芥的遗传变异情况尚不清楚，所以从分子生物学的角度对该物种开展遗传学研究具有重要的意义。简单序列重复（SSR）标记是一种广泛应用的遗传标记类型，能够揭示不同种群之间物种的遗传变异。本研究利用土荆芥种群的 DNA去开发土荆芥 SSR引物（微卫星引物）。我们用高通量测序设计了100对引物，其中76对引物能扩增出产物，12 对引物具有多态性。在此基础上，以具有代表性的来自 18 个种群的322份土荆芥材料为实验材料，对其遗传多样性、亲缘关系、分化程度及群体遗传结构等展开了系统的研究。研究结果为土荆芥在中国的入侵途径以及重金属耐性的进化机制提供了理论依据。 25791 毕业论文关键词：土荆芥，SSR，引物开发，遗传多样性分析 Development of SSR primers for Chenopodium ambrosioides L. Abstract:Chenopodium ambrosioides L. has been proved to be hyperaccumulator for heavy metal, and it has a potential value of soil restoration. At present, the genetic variation of the Chenopodium ambrosioides L is unclear, therefore it is of great significance to develop its genetics from the perspective of molecular biology. Simple sequence repeat (SSR) markers are a widely used type of genetic marker for this purpose. It can reveal the genetic variation of species among different populations In this study, we used the DNA of Chenopodium ambrosioides L to develop the suitable primers for the SSR markers. We designed 100 pairs of primers by using high-throughput sequencing. 76 pairs of primers were able to amplify products and 15 pairs of primers were polymorphic. After that, systematic analysis was conducted on its genetic persity, genetic relationship, the degree of differentiation, genetic structure of group population of experimental materials included 322 samples from 18 groups of Chenopodium ambrosioides L. The results of the study will provide theoretical basis for the invasion pathways of Chenopodium ambrosioides L. in China and the evolutionary mechanisms of heavy metal tolerance. Keywords:Chenopodium ambrosioides L., SSR, SSR Primer develop, Genetic persity analysis. 目 录 摘要1 关键词1 Abstract1 Key words 1 引言1 1.材料与方法2 1.1 材料的采集与处理2 1.2 土荆芥 DNA 的提取3 1.3 土荆芥 SSR 位点的鉴定与 SSR 引物的设计3 1.4 DNA质量的检测 4 1.5 SSR-PCR扩增 4 1.6 SSR-PCR产物检测 4 1.7 荧光毛细管电泳测序4 1.8 数据分析4 2.结果与分析5 2.1 土荆芥 SSR 引物筛选结果分析5 2.1.1 土荆芥 SSR 组成分析5 2.1.2 土荆芥 DNA 提取结果6 2.1.3 土荆芥 SSR 引物的筛选 7 2.2 土荆芥遗传多样性分析 8 2.2.1 土荆芥群体间遗传多样性分析 8 2.2.2 PCoA主成分分析 9 2.2.3 土荆芥群体遗传结构9 2.2.4 土荆芥居群聚类分析 10 2.2.5土荆芥种群间遗传分化11 3.讨论 11 致谢 13 参考文献 13 随着工业化和城市化的急速发展，重金属污染土壤的情况越来越严重，受到了全世界的重视和关注。重金属元素是指包括 Cd、 Zn、 Pb 等原子密度大于 5g/cm3的金属元素。其中如 Mn、Fe、Zn等重金属元素是植物生长代谢所必需的微量元素，但当这些重金属元素过量时会对植物有一定的毒性错误!未找到引用源。。在土壤中，重金属不会流失，而是会慢慢积累，从而破坏土壤的生态功能，影响动植物的生长代谢，通过食物链进入人体后将导致人的身体出现疾病特征，甚至得癌，严重危害人体健康。目前，我国受 Cd、Zn、Pb 等重金属污染的耕地面积大概有两千万公顷，约占全国总耕地面积的五分之一，每年出产重金属污染的粮食约 2000多吨0 (责任编辑：qin) |