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拟南芥是一种十字花科植物，广泛应用于植物遗传学、发育生物学和分子生物学研究，已成为双子叶植物分子生物学研究的模式生物[3]。目前，拟南芥中的PEX11基因及其功能还不明确。本研究采用生物信息学方法对拟南芥中的PEX11基因进行鉴定和表达分析，为其进一步功能研究奠定基础。

2  材料与方法

2。1  拟南芥PEX11基因家族成员的鉴定

从Pfam数据库（http://pfam。janelia。org）下载PEX11结构域一致性序列，利用BLASTP工具对拟南芥遗传学和基因组学数据库（TAIR, http://arabidopsis。org）进行比对搜索，得到候选蛋白；利用Pfam工具对候选蛋白序列进行检索，若存在PEX11结构域，则将其作为家族成员。利用Protparam 软件(http://expasyorg/tools/ protparam。html)计算蛋白质氨基酸数目、等电点、分子量等信息，采用WoLF PSORT（http://www。genscript。com/psort/wolf_psort。html ）网站预测蛋白质亚细胞定位。

2。2  染色体分布与基因复制分析

根据拟南芥PEX11基因的座位信息，利用MapChart工具软件绘制染色体分布图。通过检索植物基因组复制数据库[4]（PGDD，http://chibba。agtec。uga。edu/duplication/index/locus）查找拟南芥PEX11基因片段复制事件。如果两个基因在染色体上相距很近，间隔不超过5个基因，则认为起源于串联重复事件。

2。3  系统进化分析

利用ClustalW软件默认参数对AtPEX11氨基酸序列进行多序列比对，利用MEGA 5。1软件[5]邻接算法（Neighbor-Joining method）构建系统发育树，bootstrap重抽样进行了1000次。

2。4  基因表达分析 文献综述

利用AtPEX11基因CDS序列在National center for Biotechnology Information (NCBI, www。ncbi。nlm。nih。gov/）EST数据库中检索，取一致性大于95%、长度大于160 bp、E-value≤10-10的记录作为匹配的EST序列。对获得的记录按照组织器官的来源进行分类，统计EST数目，获取基因的表达信息。

3  结果与分析

3。1  拟南芥中的PEX11基因

利用PEX11结构域一致性序列在拟南芥遗传学和基因组学数据库中比对搜索，剔除不含完整PEX11结构域的序列，最终鉴定出拟南芥基因组中5个PEX11基因。根据基因在染色体上的位置命名为AtPEX11-1-5，下载其基本信息列于表1。从表1可以看出，该家族基因外显子数目变化较大，从1-8个不等，其中AtPEX11-2只含有一个外显子，可能起源于逆转录转座事件。AtPEX11蛋白氨基酸数变异不大，等电点分析表明所有蛋白均是碱性蛋白。蛋白质亚细胞定位预测表明，有两个蛋白（AtPEX11-2和AtPEX11-4）定位在细胞质中，一个蛋白（AtPEX11-1）定位在叶绿体中，一个蛋白（AtPEX11-3）定位在高尔基体内，一个蛋白（AtPEX11-5）定位于细胞外