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摘要：TIFY基因家族为植物所特有，在模式植物拟南芥中已有较多研究，而在重要作物水稻中还少有报道。本研究采用生物信息学方法鉴定出水稻基因组中20个TIFY基因，并对其进行了全面的系统发育和基因表达分析。基因复制分析表明，有3对基因起源于串联重复事件，没有基因起源于片段复制，说明串联重复是水稻TIFY家族进化的主要动力。系统发育分析显示，水稻TIFY蛋白可分为2个亚族，并且在系统发育树的末端发现了10对旁系同源基因，说明物种特异性扩张是该家族进化的主要动力。基于EST数据的表达模式分析表明，多数基因在花、叶、芽等组织器官中均有表达；部分基因（OsTIFY2和OsTIFY19）在各组织器官中均未检测到表达。这些结果为OsTIFY功能的进一步分析奠定了基础。94764

毕业论文关键词：水稻，TIFY基因，系统发育分析，表达分析

Abstract: The TIFY gene family, which is unique to plants, has been extensively studied in the model plant Arabidopsis; however, little is known in important crop rice。 In this study, 20 TIFY genes in the rice genome were identified by bioinformatics approaches, and their phylogenetic relationships and gene expression profiles were comprehensively analyzed。 Gene duplication analysis showed that three pairs of genes originated from tandem duplication; no gene originated from segmental duplication, indicating that tandem duplication is the main force underlying the evolution of rice TIFY family。 Phylogenetic analysis showed that rice TIFY proteins could be pided into two subfamilies and ten pairs of paralogous genes were found at the terminal branches of the phylogenetic tree, indicating that species-specific expansion contributed to the evolution of this family in rice。 EST-based expression pattern analysis showed that most of the genes were expressed in flowers, leaves and buds。 Expression of some genes (OsTIFY2 and OsTIFY19) were not detected in all tissues and/or organs。 These results lay the foundation for further functional analysis of the OsTIFY genes。

Key words: rice, TIFYgene, phylogenetic analysis, expression analysis

目录

1  前言 4

2  材料与方法 4

2。1  水稻TIFY基因家族成员的鉴定 4

2。2  染色体分布与基因复制分析 5

2。3  系统发育分析 5

2。4 基因表达分析 5

3  结果与分析 5

3。1  水稻中的TIFY基因 5

3。2  OsTIFY基因的染色体分布和复制事件 7

3。3  水稻TIFY系统发育分析 8

3。4  水稻TIFY基因表达模式分析 9

讨论 11

参考文献 12

致谢 13

1  前言论文网

TIFY基因家族是在拟南芥中发现的一个新的植物特异性基因家族。该家族蛋白质具有高度保守的氨基酸序列。第一个鉴定出来的TIFY家族成员为ZIM（ZIM是花序分生组织中表达的锌指蛋白），它包含C2C2-GATA锌指结构，因此被识别为基因转录因子。对于TIFY基因家族的命名在很长一段时间内都没有确定，直到Vanholme等人对该基因家族进行了全面的序列分析[1]。基于系统发育和结构分析，TIFY家族可分为四个亚族（ZML、TIFY、PPD和JAZ），其中TIFY亚族只含有TIFY结构域；ZIM含有C2C2-GATA锌指结构和CCT结构域；而PPD和JAZ不含C2C2-GATA锌指结构和CCT结构域。TIFY结构域通常含有36个氨基酸，不同蛋白质氨基酸序列的保守性有所不同，包括TII[F/Y]XG、TIS[F/Y]XG、TLF[F/Y]XG、TLL[F/Y]XG、TLS[F/Y]XG、TLV[F/Y]XG、TMF[F/Y]XG和VIF[F/Y]XG。 (责任编辑：qin)