以小鼠（Mus musculus）为模型分析miRNA表达量与转录的相关性(3)
时间:2018-08-26 19:52 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
（3）根据ENCODE或NCBI的Gene Expression Omnibus的数据，确认全基因组microRNA的表达量。 （4）计算在小鼠组织（相同培养条件、发育阶段等等）中microRNA基因转录与microRNA表达之间的Spearman相关性。显著正相关性则说明在该生物样品中，转录在基因组范围内调控microRNA表达，相关系数越高，转录的贡献越大。 1．3 研究方法 所采取的研究方案，即是在ENCODE（https://www encodeproject org/）网站上下载小鼠各组织的miRNA-seq、mRNA-seq和ChIP-seq的数据集，然后利用数据分析网页平台Galaxy（https://usegalaxy org/）初步整理与合并，并用EXCEL、Past等数据处理软件分析转录活性和miRNA表达量的相关性。最后，结合研究小鼠的各组织中的miRNA表达，揭示调控机制的保守性、重要性。具体如下： 第一步：在NCODE网站上下载小鼠各组织所对应的miRNA-seq、mRNA-seq和ChIP-seq的数据集； 第二步：基因组miRNA信息参考miRBase。将“小鼠miRNA基因组信息”数据集下载下来，以成熟miRNA序列为中心向5’和3’方向各延长一定距离，本项目将向两个方向各延长1，2，5，10，20千碱基对，然后以5’-->3’的区间作为miRNA基因的代表。pri-miRNAs的已有实验证据可以不用延伸，直接用相应信息代替； 第三步：利用Galaxy数据分析网页平台中的“Operate on Genomic Intervals”工具中的“Join the intervals of two datasets side-by-side”方法将“小鼠基因组信息数据集”和“miRNA对应的基因组数据集（第二步所得文件）”进行比对，保留序列位置重叠部分的数据。即将序列位置重叠的mRNA和miRNA所对应的信息相连接，包括其对应的ID名、基因名、染色体位置或序列起始位点； 第四步：取得第三步所得数据集文件，利用Galaxy数据分析网页平台中的“Join, Subtract and Group”工具中的“Join two Datasets side by side on a specified field”方法，先根据文件中的miRBase ID将其与第一步下载的小鼠各组织miRNA-seq数据取交集合成一个文件，再根据文件中的ID名或者基因名，将其与第一步下载的小鼠各组织的mRNA-seq数据或RNA-seq的数据进行处理分析，取其交集，合成一个最终的文件，便于后续分析； 第五步：利用EXCEL简化上一步得到的数据，即对其进行删除重复项、表达量求和等处理，最终只保留miRNA表达量与mRNA或RNA表达量俩列数据； 第优尔步：利用数据处理软件Past，取得第五步所得数据，计算分析小鼠组织中基因转录与miRNA表达之间的Spearman相关性。 2 结果与分析 （仿宋体四号） 2．1 所获取的原始数据结果汇总 本课题一共从encode网站上获取了分别来自12个不同的小鼠组织的41对数据，每对中都有相应组织的miRNA-seq以及mRNA-seq/RNA-seq数据，其中： 小鼠心脏6对：分别来自0day, 11.5days, 13.5days,14.5days,15.5days,16.5days的小鼠胚胎； 小鼠肝脏6对：分别来自0day, 11.5days, 13.5days,14.5days,15.5days,16.5days的小鼠胚胎； 小鼠前脑5对：分别来自11.5days, 13.5days,14.5days,15.5days,16.5days的小鼠胚胎； 小鼠中脑5对：分别来自0day, 11.5days, 13.5days, 15.5days,16.5days的小鼠胚胎； 小鼠肾脏4对：分别来自0day, 14.5days,15.5days,16.5days的小鼠胚胎； 小鼠四肢4对：分别来自11.5days, 13.5days,14.5days,15.5days的小鼠胚胎； 小鼠后脑3对：分别来自13.5days,14.5days, 16.5days的小鼠胚胎； 小鼠肺3对：分别来自0day, 14.5days,15.5days的小鼠胚胎； 小鼠肾上腺1对：来自0day的小鼠胚胎； 小鼠膀胱1对：来自0day的小鼠胚胎； 小鼠骨骼肌组织1对：来自0day的小鼠胚胎； 小鼠胸腺1对：来自0day的小鼠胚胎； (责任编辑：qin) |