拟南芥3-磷酸甘油脱氢酶（AtGPDH）基因的生物信息学分析(2)
时间:2018-09-06 19:49 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
2.2蛋白质的基本分析 7 2.2.1蛋白质理化性质的分析 7 2.2.2蛋白质跨膜区、亚细胞定位、磷酸化分析 7 2.2.3拟南芥GPDH信号肽的分析 7 2.3蛋白质结构的预测 8 2.3.1拟南芥GPDH蛋白质二级结构的分析和保守结构域的分析 8 2.3.2蛋白紊乱区、球蛋白区预测 8 2.3.3拟南芥GPDH蛋白质三级结构的分析与评价 8 2.4拟南芥GPDH蛋白基因结构与定位分析 8 2.5拟南芥GPDH蛋白电子表达分析 8 3结果与分析 8 3.1拟南芥GPDH蛋白序列的获取与进化分析 8 3.2拟南芥AtGPDH蛋白与其他物种GPDH同源序列的对比及系统发育树分析 9 3.3拟南芥GPDH蛋白的理化性质的分析 10 3.4蛋白质跨膜区、亚细胞定位、磷酸化分析 11 3.5拟南芥GPDH信号胎的分析 13 3.6拟南芥GPDH蛋白质二级结构的分析和保守结构域的分析。 13 3.6.1蛋白紊乱区、球蛋白区预测 15 3.7拟南芥GPDH蛋白质三级结构的分析 16 3.8 拟南芥GPDH蛋白基因结构与定位分析 18 3.9拟南芥GPDH蛋白电子表达分析 19 4结果与讨论 20 参考文献 22 致谢 23 拟南芥3-磷酸甘油脱氢酶（AtGPDH）基因的生物信息学的分析 引言 能源问题当今全球面临的一个严峻的问题，因此提高油脂作物的含油量成为我们首要解决的问题，油脂的主要储存形式是三酰甘油（ATG），甘油-3-磷酸脱氢酶（Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, GPDH）是一种非常重要的代谢酶，广泛存在于各种生物体中，而其催化合成的甘油-3-磷酸（Glycerol-3-phosphate，G3P）是合成三酰甘油（ATG）的重要成分，该酶参与了线粒体G3P穿梭，为呼吸链提供了电子，是G3P合成的关键酶，是连接糖代谢和脂代谢的关键酶之一，对植物的油脂合成和能量代谢有着重要的作用，根据已报道的关于G3PDH的研究，G3PDH不仅在甘油合成途径，脂肪酸合成途径，TAG合成途径以及抵抗渗透胁迫能力有重要的作用，而且在植物的免疫中也发挥着重要作用，有研究表明，将油菜种子特异性启动子控制下的酵母GPDH转入油菜中，转基因植株甘油的含量是野生型的四倍。因此，研究G3PDH的基因具有重要的理论意义，也具有潜在的应用价值。生物信息学是一门融合了生命科学、信息科学和数学等多门科学优点的综合学科，是现代一个非常重要的生物学研究工具，利用生物信息学的方法对GPDH 基因及从NCBI 拟南芥蛋白数据库下载所有拟南芥GPDH蛋白序列，并按照序列特点、进化等进行聚类分析，对其进行基本理化性质和结构预测分析，以了解其功能，为其后续的研究提供理论数据。 1材料 1.1生物信息学数据库与软件 NCBI在线网站EST和Unigene ；DNAMAN在线软件软件；EXPASY在线网站的Protparam ；GOR ；SignalP; Geno3D。 2分析方法 2.1蛋白质序列的获取 2.1.1拟南芥G3PDH基因的蛋白质序列的获得 利用NCBI中的蛋白质数据库下载拟南芥GPDH的蛋白序列。 2.1.2拟南芥GPDH蛋白的进化分析 应用DNAMAN软件对所获得的蛋白序列去除冗余后建构进化树。 2.1.3同源序列的获得 通过NCBI上BLAST程序对比直接获得与拟南芥GPDH基因同源蛋白质的序列。 (责任编辑：qin) |