水稻产量相关基因LAX的生物信息学分析
时间:2018-10-06 14:50 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
| 摘要: 水稻产量相关基因LAX是水稻中主要的侧生分生组织的调节者，本文利用NCBI在线BLAST功能以水稻Lax1及Lax2为源序列，搜索其同源序列，共获得潜在的同源序列16条。进一步我们利用MEGA对同源序列进行了比对及系统进化树的构建，结果表明：LAX1及LAX2的系统发育树均分成两个大的分支，来自于禾本科的物种聚成了一支，而其余物种聚为一支，且支持率高。在禾本科中，稻属的物种形成了一个单系。本论文的研究结果为进一步研究LAX基因在禾本科其它物种当中的生物学功能提供了研究基础。28758 毕业论文关键字:LAX基因；分蘖；生物信息学；同源性分析 Bioinformatics analysis of rice production related genes LAX Abstract：Rice yield related genes in rice is LAX main side identify groups of regulators. This paper, by using NCBI BLAST online features for rice Lax1 and Lax2 source sequence, Article 16 the received potential homologous sequences. obtain the potential homologous sequences. Results show that the LAX1 and LAX2 phylogenetic trees are pided into two branches, gather into a from gramineous species, while the rest together as a species, and the high approval ratings. Species of the genus in gramineae, rice formed a single department. The results of this paper for further research on LAX biological function of genes in other species of gramineae provides research foundation. Key words：LAX gene；Tillers；Bioinformatics；Homology analysis 目录 摘要 3 引言 4 1.材料和方法 7 1.1材料来源 7 1.2同源性极其相关分析软件简介 8 1．3软件具体操作步骤 8 1.3.1水稻同源性分析软件及操作步骤 8 1.3.2水稻LAX序列比对软件及操作步骤 8 1.3.3水稻LAX系统发育树的构建软件及操作步骤 9 2．结果与分析 9 2.1蛋白质序列和核苷酸序列的处理统计 9 2.2蛋白质序列和核苷酸序列系统发育树构建的处理结果 11 3.结果与讨论 16 参考文献 17 水稻产量相关基因LAX的生物信息学分析 引言 生物信息学简介：生物信息学是研究生物信息的采集、处理、存储、分析，传播和解释等各方面的学科，是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。 生物信息学经历的阶段包括前基因组时代，基因组时代和后基因组时代。研究方向有：序列对比，蛋白质对比，基因识别分析，分子进化，序列重叠群装配，遗传密码，药物设计，生物系统，技术方法，其他等等。 我们知道水稻是一种一年生植物界，禾本目科植物,被子植物门，单子叶植物纲，稻属，真核生物域，24条染色体，拉丁学名：Oryza sativa ,Oryza glaberrima。高约1.1米,叶片长而且扁,其圆锥花序由许多小穗组成。水稻适应高温、多湿度、短日照的生长环境，对土壤要求不严。水稻幼苗发芽最低温度在10～12℃,最适宜温度28～32℃。温度过高或者过低都对水稻生长不利：低温使枝梗和颖花分化延长.抽穗适温25～35℃.开花在30℃左右最适宜。低于20℃或高于40℃,受精会受严重影响。 水稻的分布：大都主要集中在热带、亚热带和温带等地区的沿海平原、潮汐三角洲和河流盆地的淹水地栽培。水稻生长的最北限是中国的黑龙江省呼玛。但主要的生长区域是中国南方、台湾、日本、朝鲜半岛、东南亚、南亚、地中海沿岸、中美洲、大洋洲和非洲部分地区，中国北方的很多沿河地区也有水稻的种植。也就是说，除了南极洲之外，几乎大部分地方都有水稻生长。 (责任编辑：qin) |