油菜疾病抗性蛋白序列特性与进化分析(3)
时间:2019-01-01 09:38 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
1.2生物信息学分析软件 1.2.1理化性质分析 利用Protparam（http://expasy.org/ proteomics）工具来分析油菜疾病抗性蛋白序列中氨基酸的组成。 1.2.2蛋白的磷酸化、跨膜区、信号肽、亚细胞定位及保守域的分析 利用NetPhos 2.0软件（http://expasy.org/proteomics）预测磷酸化作用位点，利用TMHMM（http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/）软件来进行跨膜区的预测，利用SignalP 4.1Server软件预测氨基酸前导肽中的信号肽序列，利用TargetP 1.1 Server软件预测氨基酸前导肽的细胞定位，通过BLASTp检索非冗余蛋白质数据库预测保守域。 1.2.3油菜疾病抗性蛋白的紊乱区和球蛋白区预测 利用GlobPlot软件（http://globplot.embl.de/）对该油菜疾病抗性蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测分析。 1.2.4油菜疾病抗性蛋白的二级结构预测与分析 利用SOPMA软件预测该油菜疾病抗性蛋白序列的二级结构[9]。 1.2.5油菜疾病抗性蛋白的三级结构预测与分析 利用Geno3D同源建模方法对该油菜疾病抗性蛋白进行模板匹配，获得同源序列后运行建模程序，获得建模结果后下载，再利用视图软件Rasmol进行可视化[10]。利用Ramachandran图来评价蛋白质结构中转角的易变程度，并评估模拟的结构是否与自然结构趋势相同[11]。 1.2.6油菜疾病抗性蛋白的进化分析 将油菜疾病抗性蛋白与其近缘十字花科植物的蛋白序列利用DNAMAN软件进行垂直同源比对，并构建进化树；对油菜疾病抗性蛋白序列利用DNAMAN软件进行水平同源比对，并构建进化树。 2 结果与分析 2.1油菜疾病抗性蛋白的理化性质分析 对油菜疾病抗性蛋白（XP_009120982.1）基本理化性质进行预测，表明该蛋白质分子式为C7205H11310N1920O2185S66，分子量为161906.5，理论等电点（pI）为5.08，氨基酸组成中（如表1）含有20种基本氨基酸，含量最高的是Leu（12.1%）和Asp（8.7%），含量最低的是Trp (1.4%) 和Met(1.8%)，带负电荷残基238个（16.7%，包括Asp，Glu），带正电荷的残基179个（12.6%，包括Arg，Lys），在280nm处该蛋白质水溶液的消光系数（Extinction coefficients）为42665，其不稳定系数为41.98，是一种不稳定蛋白，脂肪系数为89.41，平均总亲水性（Grand average of hydropathicity (GRAVY) 为-0.330 (责任编辑：qin) |