亚洲棉MMS21基因电子克隆和生物信息学分析
时间:2019-09-20 12:58 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
| 摘要：利用电子克隆技术，以拟南芥并用生物信息学方法对此基因编码产物从氨基酸组成、理化性质、二级和三级结构以及功能进行预测和分析的结果表明，亚洲棉MMS21编码一个由256个氨基酸的、相对分子量是28803.4Da的蛋白，预测等电点5.59，该基因编码的蛋白为亲水性蛋白，具有一个由62个氨基酸组成的RING finger结构域（145～207），定位于叶绿体基质中，将亚洲棉MMS21在GeneBank中与所有的氨基酸序列进行Blast进行比对，结果显示GaMMS21编码蛋白与雷蒙德氏棉、可可树、麻风树、桃树、梅花、金钱橘、葡萄的氨基酸序列高度同源，同源性分别为98%、84%、64%、61%、61%、61%、61%。39313 毕业论文关键词: MMS21;电子克隆；亚洲棉；生物信息学 In Silico Cloning and Bioinformatics Analysis of MMS21 Gene from Gossypium Arboreum L Abstract: A novel MMS21 gene from Gossypium arboreum L was identified by in silico cloning from ests datebases. Bioinformatical analysis showed that this gene encodes a 28803.4 Da protein with 256 amino acids and a 62-amino acid conserved RING finger domain This domain was predicted to locate on chloroplast stroma and funcition as a transcriptional regulatory protein.Blast result and the phylogenetic analysis showed that PpMMS21, PmMMS21, CcMMS21, JcMMS21, VvMMS21, GaMMS21, GrMMS21, TcMMS21 share a cluster. Key words: MMS21 ；In silico cloning; Gossypium arboreum; bioninformatics 目 录 摘要： 1 引言： 1 1材料与方法 1 1.1网上数据库 1 1.2实验方法 2 2结果 2 2.1亚洲棉MMS21基因的电子克隆结果 2 2.1.1获得拟南芥MMS21核酸核苷酸和蛋白质氨基酸序列 2 2.1.2亚洲棉基因组数据库获得同源序列1个>GaMMS21 2 2.2亚洲棉MMS21蛋白基本特性分析 3 2.3亚洲棉MMS21 蛋白二级结构预测分析 3 2.4 亚洲棉MMS21蛋白的疏水性预测 4 2.5 亚洲棉MMS21蛋白的信号肽预测 4 2.7亚洲棉MMS21氨基酸序列跨膜结构及保守区预测 5 2.8亚洲棉MMS21功能域预测分析 6 2.9亚洲棉MMS21 蛋白的进化树和同源树分析 7 3讨论 9 参考文献 9 致谢 10 亚洲棉MMS21基因电子克隆和生物信息学分析引言： 亚洲棉是一种原产于亚洲的棉花种类的合称。亚洲棉（A基因组）又称树棉，原产于亚洲的热带和亚热带地区，是人类最早种植的农作物之一，同时也是目前世界最重要的经济棉种—陆地棉—的祖先。亚洲棉(G. arboretum .L)属A基因组,是古老的二倍体栽培棉种,在世界棉花基因库中占有极其重要的位置,具有早熟、适应性广、抗逆等优良特性,有很高的研究与利用价值[1]。MMS21 是在真核生物完整性的相扑 E3 连接酶，先前已被证明是DNA 修复和文护染色体完整性所需要的。它通过促进人体细胞中的DNA修复来抑制DNA损伤引起的细胞死亡。在前期的研究已发现AtMMS21调控根的发育，有人对植物中拟南芥做实验表明AtMMS21是拟南芥的正常减数分裂和发育所必须的。AtMMS21在拟南芥有性生殖中尤其是花粉的形成中扮演着重要的角色。SUMO化修饰已在动物，酵母菌及拟南芥等多种植物的生长及发育过程中发现，酵母和哺乳动物细胞中已报道的 SUMO E3 连接酶包括 SIZ/PIAS, RanBP2, Pc2 和 MMS21。拟南芥中发现的SUMO E3 连接酶有AtSIZ1 和AtMMS21/HPY2(highploidy2)[2-8]。然而亚洲棉中还没有关于MMS21的研究。利通过电子克隆的方法 ，获得棉花 GaMMS21基因全长的开放阅读框序列，并在棉花基因组测序结果中，搜索获得了GaMMS21基因的编码区序列 ，对所获得的序列进行了一系列的生物信息学的预测和分析 ，以期为进一 步深入研究该基因的功能提供必要的基础 。棉花是重要的经济作物，在其生长过程中，病虫害和一些非生物类胁迫也是重要的限制性因素。目前，基因工程技术已成为培育优良品种的重要途径，而克隆重要功能的基因已成为遗传工程的关键内容。至今没有见到有关亚洲棉MMS21基因及其蛋白研究的有关报道。因此，克隆棉花MMS21基因，为研究其功能和揭示其作用机制奠定基础，并进而为棉花种质改良提供基因资源，因而，具有重要的理论和实践意义本试验。 (责任编辑：qin) |