甘蓝型油菜及其亲本物种油体固醇蛋白基因的序列与进化分析(3)
时间:2019-12-18 21:15 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
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2.2油菜油体固醇蛋白基因的搜索与下载 首先以关键词“Steroleosin-A”和“Steroleosin-B”为检索词，在NCBI数据库中查找相应的基因，结果得到5个Steroleosin-A和5个Steroleosin-B基因；接着以这些物种油体固醇蛋白为检索序列，在拟南芥、水稻、甘蓝型油菜、甘蓝和白菜型油菜等18个物种中鉴定其直系同源基因，将这些基因作为油体固醇蛋白的候选基因；最后，在Plaza[11]或者NCBI数据库下载这些基因的核酸、编码区以及蛋白序列。 2.3 序列比对与进化关系分析 以10个Steroleosin-A和Steroleosin-B蛋白以及来源于18个物种的同源基因的蛋白序列为对象，利用Clustalo(http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/)对这些蛋白进行多序列比对[12]，参数均设置为默认条件。接下来，直接导出多序列比对结果，保存在文本文件中。最后，将多序列比对文件上传到系统进化树构建工具 (责任编辑：qin) |