Prx5蛋白的结构和功能研究+文献综述(2)
时间:2017-04-20 19:53 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
1 材料和方法 1.1 抽样物种 本文的抽样物种为人类，对人类Prx5基因和蛋白功能分析。 1.2 研究方法与工具 1.2.1 氨基酸序列分析 利用Protein-BLAST（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein）同源搜索其保守结构域，确定其可能的功能。 1.2.2理化性质分析 利用ExPASy网站的Protparam（http://expasy.org/ proteomics，http:// web .expasy. org/cgi-bin/protparam/protparam）工具预测蛋白质的基本理化性质。 1.2.3 亚细胞定位、跨膜区、信号肽分析和磷酸化分析 利用TargetP进行亚细胞定位分析，在http://expasy.org/proteomics上利用TMHMM工具分析蛋白质的跨膜区和跨膜方向，利用SignalP 4.1 Server软件预测氨基酸进行前导肽预测，NetPhos 2.0 Server软件预测磷酸化作用位点。 1.2.4 二级结构、球蛋白区预测 利用SOPMA工具预测蛋白质的二级结构，利用GlobPlot软件（http://globplot. embl.de/）对Prx5蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测。 1.3.5对Prx5蛋白的进化分析 利用DNAMAN软件将人Prx5蛋白与其近缘动物Prx5蛋白序列进行同源比对并构建进化树。 2 结果与分析 2.1 Prx5蛋白序列分析 对氨基酸序列进行Protein-BLAST同源比对，结果（图1）表明，该蛋白不存在保守结构域，其蛋白属于Thioredoxin超家族。该蛋白质序列如下: >gi|109731385|gb|AAI13724.1| Peroxiredoxin 5 [Homo sapiens] MGLAGVCALRRSAGYILVGGAGGQSAAAAARRCSEGEWASGGVRSFSRAAAAMAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL 图1 Prx5蛋白保守结构域预测图 2.2 Prx5蛋白理化性质分析 (责任编辑：qin) |