拟南芥A20/AN1锌指蛋白的生物信息学分析(2)
时间:2017-05-26 10:16 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
拟南芥属于十字花科，广泛用于植物遗传学、发育生物学和分子生物学的研究，是一种典型的模式植物。本文利用从NCBI拟南芥蛋白数据库下载所有拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列，并按照序列特点、进化等进行聚类分析，对其进行基本理化性质和结构预测分析，以了解其功能，为可能的应用奠定理论基础。 1 材料和方法 1.1 材料来源 在NCBI的Protein数据库中下载拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列。 1.2 拟南芥A20/AN1锌指蛋白生物信息学分析 利用DNAMAN进行进化分析，构建进化树；并对各类氨基酸进行聚类分析。分类后，选取各类氨基酸代表，进行生物信息学分析。 利用ExPASy网站的ProtScale（http://cn.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl）和Prot-Param（http://web.expasy.org/protparam/）分析蛋白质残基组成、相对分子质量、亲水/疏水性等；用TMHMM（http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/）[7]进行跨膜结构域分析，利用EXPASY中的TargetP软件进行亚细胞定位，利用NetPhos 2.0软件预测磷酸化作用位点。 利用SOPMA软件对3种拟南芥A20/AN1锌指蛋白进行二级结构预测分析，并用Protein-BLAST 同源搜索其保守结构域，确定其可能的功能；利用GlobPlot软件（http://globplot.embl.de/）对3种拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测分析；利用Geno3D同源建模法预测蛋白质的三级结构并用视图软件Rasmol对结果可视化。并且对拟南芥A20/AN1锌指蛋白基因结构定位分析，利用EST和Unigene数据库对其进行电子表达分析。 2 结果与分析 2.1 拟南芥A20/AN1锌指蛋白的获取和进化分析 2.1.1 拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列获取 利用NCBI数据库，获取拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列，并下载。获得了13种拟南芥A20/AN1锌指蛋白的氨基酸序列。 2.1.2 拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列进化分析 对13条序列运用DANMAN构建进化（见图1）。将这些氨基酸分为三大类，其中第一类共8条序列，包括Q9SZ69.1、O49663.1、Q6NNI8.1、Q9SJM6.1、Q94B40.2、Q9ZNU9.1、Q9LHJ8.1和Q8H0X0.2；第二类共3条序列，包括Q67YE6.2、Q9SCM4.1和Q8VZ42.1；第三类共2条，Q3EA33.1和 Q9STJ9.1。 图1 拟南芥A20/AN1锌指蛋白序列的进化树 Figure1 Phylogentic tree of A20/AN1 zinc finger protein in Arabidopsis thaliana 对这13条序列运用DNAMAN进行多序列比对，获取其序列比对图（见图2），结果表明，13条序列的相似度为28.13%，序列分化呈多样性，基本无一致性序列，即使在保守区，也表现有分歧，这表明A20/AN1锌指蛋白在拟南芥的长期进化过程中，通过不断突变（包括插入、缺失和删除等），分化出产生新成员，承担新的功能，依据这一结果，从中选择Q9SZ69.1、Q67YE6.2、Q3EA33.1作为代表， 进行以下方面的生物信息学分析，以获得对拟南芥A20/AN1锌指蛋白的深刻认识。 (责任编辑：qin) |