GPX3蛋白基因的功能序列(2)
时间:2017-06-04 14:23 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
1材料方法 1.1材料来源 在NCBI的GENE数据库中下载酿酒酵母GPX3蛋白基因序列，并通过ORF Finder找到其相应的蛋白序列。 1.2数据库 NCBI数据库，酵母基因序列数据库、基因组数据库、EST数据库等。 1.3试验方法与工具 利用EXPASY网站的ProtScale（http://cn.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl）和Prot-Param（http://web.expasy.org/protparam/）分析蛋白质残基组成、相对分子质量、亲水/疏水性等, 利用NetPhos 2.0软件预测磷酸化作用位点，利用Swiss‐PdbViewer4.0.1对酿酒酵母GPX3蛋白进行表面电位预测；用TMHMM进行跨膜结构域分析，利用EXPASY中的TargetP1.1软件进行亚细胞定位，利用SOPMA软件对蛋白进行二级结构预测分析，并用Protein-BLAST 同源搜索其保守结构域，确定其可能的功能；利用GlobPlot软件（http://globplot.embl.de/）对蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测分析；利用Geno3D、视图软件Rasmol工具预测蛋白质的三级结构，通过Ramachandran 图对其三级结构预测结果进行评价。 2结果 2.1酿酒酵母GPX3蛋白基因序列特征分析及进化树的构建 基因序列： >gi|330443595:423128-423619 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence ATGTCAGAATTCTATAAGCTAGCACCTGTTGACAAGAAAGGCCAACCATTCCCCTTCGACCAATTAAAGGGAAAAGTGGTGCTTATCGTTAATGTTGCCTCCAAATGTGGATTCACTCCTCAATACAAAGAACTAGAGGCCTTGTACAAACGTTATAAGGACGAAGGATTTACCATCATCGGGTTCCCATGCAACCAGTTTGGCCACCAAGAACCTGGCTCTGATGAAGAAATTGCCCAGTTCTGCCAACTGAACTATGGCGTGACTTTCCCCATTATGAAAAAAATTGACGTTAATGGTGGCAATGAGGACCCTGTTTACAAGTTTTTGAAGAGCCAAAAATCCGGTATGTTGGGCTTGAGAGGTATCAAATGGAATTTTGAAAAATTCTTAGTCGATAAAAAGGGTAAAGTGTACGAAAGATACTCTTCACTAACCAAACCTTCTTCGTTGTCCGAAACCATCGAAGAACTTTTGAAAGAGGTGGAATAG 酿酒酵母GPX3蛋白的mRNA序列（NM001179559.1）注释信息表明，其对应的基因定位序列识别号为LOC 854855 ，通过对基因序列识别号LOC854855进行超链接，结果（图1）发现该基因定位于9号染色体YIR037W，其所在的基因组序列（contig群）为NC_001141.2，在基因组序列上的匹配位置为423128~423619，长度492 bp，该基因由1个外显子（编码序列长492nt）组成（图3），蛋白编码区（NP-012303.1，图3中红色部分）与NC_001141.2contig群内的匹配位置 为423128~423619，长度为492bp，编码163个氨基酸。 (责任编辑：qin) |