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玉米（Zea mays）是我国主要的粮食作物，分布较广，播种面积仅次于小麦、水稻，是人们日常生活中的主食之一。在玉米有56个转录因子家族，其中SPL家族是主要的一大家族[12]。前期，Becraft等[13]对玉米SPL家族进行了分析，发现LG1基因和颖苞构造基因TGA1突变体分别不能形成舌叶和叶耳。但玉米中的SPL基因及其功能还很不明确，因此对玉米SPL家族的进一步挖掘与分析具有重要的意义。本研究主要利用生物信息学方法对玉米SPL基因进行系统鉴定，并对其进化关系与表达模式等方面进行分析，旨在为玉米SPL基因的进一步功能研究奠定基础。

2  材料与方法

2。1  玉米SPL基因家族成员的鉴定

从Pfam 数据库（http://pfam。janelia。org）下载SBP结构域一致性序列，利用BLAST工具对玉米遗传学和基因组学数据库MaizeGDB（http://www。maizegdb。org）进行搜索比对，得到候选蛋白；利用SMART工具对候选蛋白序列进行检索，若存在SBP结构域，则将其作为家族成员。利用Protparam 软件(http://expasyorg/tools/ protparam。html)计算蛋白质氨基酸数目、等电点、分子量等信息，采用WoLF PSORT（http://www。genscript。com/psort/wolf_psort。html ）网站预测蛋白质亚细胞定位。

2。2  染色体分布与基因复制分析

根据玉米SPL基因的座位信息，利用MapChart工具软件绘制染色体分布图。通过检索植物基因组复制数据库[14]（PGDD，http://chibba。agtec。uga。edu/duplication/index/locus）查找玉米SBP基因片段复制事件。如果两个基因在染色体上相距很近，间隔不超过5个基因，则认为起源于串联重复事件。

2。3  系统进化分析

利用ClustalW软件默认参数对ZmSPL氨基酸序列进行多序列比对，利用MEGA 5。1软件[15]邻接法（Neighbor-Joining method）构建系统发育树，bootstrap重抽样进行了1000次。

2。4  基因表达分析来*自~优|尔^论:文+网www.youerw.com +QQ752018766*

利用玉米SPL座位号在PLEXdb数据库（http://www。plexdb。org/plex。php?database=Corn）检索获取玉米SPL基因的芯片表达数据。利用ClUSTER3。0软件Average Linkage 聚类，绘制基因表达热图。

3  结果与分析

3。1  玉米中的SPL基因

利用SBP结构域一致性序列在MaizeGDB中比对搜索，剔除不含完整SBP结构域的蛋白序列，最终鉴定出玉米基因组中32个SBP-like（SPL）基因。根据基因在染色体上的位置命名为ZmSPL1-32，下载其基本信息列于表1。从表1可以看出，该家族基因外显子数目变化较大，从2-12个不等，说明ZmSPL基因不是起源于逆转录转座。蛋白质氨基酸数及理化性质分析表明，ZmSPL蛋白氨基酸数差异较大，最大的是ZmSPL14，拥有1112 aa，最小的为ZmSPL9，仅有99 aa。理论等电点范围为4。67-10。05，其中ZmSPL1、ZmSPL5、ZmSPL18和ZmSPL28的等电点都在5左右，是酸性蛋白；ZmSPL3、ZmSPL8和ZmSPL21为近中性蛋白；其他多数蛋白为碱性蛋白。蛋白质亚细胞定位分析表明，ZmSPL主要分布在细胞核中，线粒体、叶绿体和液泡中也有少数分布，仅ZmSPL5分布于质膜上。