大豆DREB转录因子的生物信息学分析(2)
时间:2017-06-23 10:32 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
许多DREB亚家族转录因子已经从拟南芥以外的各种植物物种的分离出来，并且这些转录因子DREB亚家族参与了胁迫耐受性过程。大豆DRE顺式作用元件富集在脱水胁迫应答基因的启动子中，这表明大豆DRE顺式作用元件参与脱水应激反应[5]。根据Sakuma[6]的分类方法，DREB亚家族的AP2/ERF蛋白进一步被分为优尔个子群（A1-A6）。到目前为止，一些转录因子DREB亚科已从大豆分离出来，如被分为亚组的A1（GmDREB1）[7]，A2（GmDREBa和GmDREBc）[8]，和A5（GmDREB3和GmDREBb）[9]。 逆境，如干旱胁迫等是导致大豆生产损失的一个重要因素[10]。因此，提高大豆对逆境耐受性是大豆抗逆育种的重要目标之一。目前有关大豆DREB类转录因子的研究较少，本实验通过对大豆DREB类转录因子的进行生物信息学分析，为研究起功能研究提供一定的理论基础。 1 材料和方法 1.1 大豆DREB转录因子 在美国国立信息技术中心NCBI数据库中查询搜索大豆DREB转录因子，获得了23条大豆DREB转录因子蛋白质序列。这23条氨基酸序列经除去冗余或重复序列后，剩余20条氨基酸序列。下载结果(见表1)： 表1 大豆DREB转录因子蛋白质序列 Table 1 DREB transcription factor protein sequences of soybean 编号 number 序列获取号 Accession Number 描述 Descriptions 1 NP_001235779.1 DREB protein 2 NP_001237254.1 DREB 2 3 NP_001235100.1 DREB protein 5 4 NP_001236953.1 DREB protein 3 5 NP_001235037.1 DREB protein 7 6 NP_001238500.1 DREB protein 3 7 AFU35562.1 DREB protein 2A;1 8 XP_006595576.1 PREDICTED: DREB protein 2C-like isoform X1 9 NP_001239694.1 DREB protein 3-like 10 XP_006580986.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC100783729 isoform X1 11 NP_001240238.1 uncharacterized protein LOC100783729 12 gb|AAY89658.1 DREB protein 13 NP_001235341.1 DREB protein 6 14 NP_001240942.1 DREB protein 2C-like 15 AFU35563.1 DREB protein 2A;2 16 AFU35565.1 DREB protein 2D;2 17 AFU35564.1 DREB protein 2D;1 18 NP_001267504.1 uncharacterized protein LOC100819565 19 NP_001241356.1 DREB 3-like 20 NP_001240005.1 DREB protein 2C-like 1.2 大豆DREB转录因子生物信息学分析 1.2.1 大豆DREB转录因子同源性比较及聚类分析 利用DNAman软件对获得的蛋白序列进行同源建树（无根树），根据构建的系统发育树对大豆DREB转录因子序列进行分类。 1.2.2 基本理化性质分析 在上利用Protparam和ProtScale工具预测大豆DREB转录因子的基本理化性质[11]。 1.2.3 疏水区、跨膜区、亚细胞定位、前导肽和磷酸化分析 利用ExPASy网站的ProtScale（）对大豆四种DREB转录因子的亲水/疏水性等进行分析，利用TMHMM Sever2.0软件对该大豆四种DREB转录因子蛋白序列进行跨膜预测，利用WoLF PSORT（）进行亚细胞定位分析，利用SingnalP3.0进行信号肽剪切位点的分析[12]，利用NetPhos 2.0 Server 预测大豆中四种DREB转录因子磷酸化作用位点。 1.2.4 二级结构、蛋白紊乱区和球蛋白区预测 (责任编辑：qin) |