摘要：我们获得了植物DOF基因组序列，并且通过生物信息学软件以及相关网站的数据库分析，鉴定并获得了水稻DOF 家族基因序列以及相关基因信息。我们对30个水稻Dof基因进行聚类分析以及功能结构域的分析，蛋白序列比对发现全部具有高度保守的Dof 结构域。此外，我们还对DOF家族在水稻、拟南芥、短柄草和高粱中的同源基因进行了聚类分析，相关结果显示植物中的DOF家族的分化要早于物种本身的进化。我们还通过MeMe程序进一步分析了水稻DOF家族的结构域特征，MeMe结果显示与系统进化的分析具有一致的特点。此外，通过染色体复制研究，我们明确了部分DOF在水稻本身以及水稻与短柄草，水稻与高粱之间存在种内以及种间的染色体复制；最后，我们收集了水稻DOF基因在不同组织中的表达，以及水稻根和茎组织在六种不同的激素作用下DOF基因的表达水平，通过Heatmap分析进一步帮助我们认识了水稻以及植物中的DOF家族的生物学功能。54017
毕业论文关键词：水稻；Dof转录因子；生物学功能
Abstract: We obtained the plant DOF genome sequence through the bioinformatic software and the web database analysis, we also identificated and obtained the information of rice DOF family genes and related genes.We analysis 30 rice Dof genes using the clusting analysis and functional domain of the protein, we also found that all the Dof genes contains the highly conserved domains using the protein sequence alignment. In addition, we also collected the DOF homologous genes in Arabidopsis, rice, Brachypodium distachyon and sorghum for the clusting analysis, and the results indicated that the differentiation of plant in the DOF family is early than the evolution of species. We further analysis the domain characteristics of rice DOF family through the MeMe program, its results showed the agreement with the analysis of the system evolution. In addition, through the chromosome replication analysis, we found the part of DOF genes and,existintraspecific in rice and interspecific chromosome replication between rice and sorghum, rice and Brachypodium distachyon,respectively. Finally, we collected the expression pattern of rice DOF gene in different tissues, and the conditions of different expression levels towards six different hormone action in rice root and stem. Through the Heatmap analysis, we deep understand the biological function of rice and other plants of the DOF family.
Keyword: Rice; Dof transcription factors; The biological functions
目 录
1 前沿： 6
2 材料与方法： 7
2.1 植物Dof超家族转录因子的鉴定 7
2.2 蛋白序列的比对和水稻DOF蛋白系统发生的进化树构建 8
2.3 Dof保守结构域的鉴定和分析 8
2.4 水稻，短炳草，高粱中的Dof转录因子家族的同源性分析 8
2.5 水稻Dof转录因子家族的组织表达分析以及根茎组织对于不同激素的响应 8
3 结果与分析： 9
3.1 水稻Dof转录因子家族的鉴定 9
3.2 水稻Dof转录因子家族的进化分析 9
3.3 水稻Dof转录因子家族染色体复制分析 10
3.4 Dof转录因子家族在水稻和高粱，水稻和短柄草之间的染色体复制情况分析 10
3.5 水稻Dof家族全长蛋白的结构性分析 Dof转录因子超家族在水稻中的全基因组分析:http://www.youerw.com/shengwu/lunwen_58210.html