摘要:本研究从华鳈 cDNA 转录组文库测序获得的 EST 序列中查找了 30 条多碱基重复微卫 星序列，其中三碱基重复序列 6 条，四碱基重复序列 12 条，五碱基重复序列 9 条，六碱
基重复序列 3 条。对 30 条微卫星序列进行了引物设计并在一个包含 30 个个体的华鳈测试群体中进行了多态性分析。结果显示，选取的 30 对微卫星引物均能扩增出清晰条带，扩 增成功率为 100%，其中多态性微卫星引物 25 对，多态率为 83。3%。随机选取其中 8 对引 物 在 一 个 测 试 群 体 中 进 行 了 多 态 性 检 测 ， 等 位 基 因 数 为 3-16 ， 期 望 杂 合 度 介 于 0。423-0。895，平均 0。693；观测杂合度介于 0。4-0。933，平均 0。617。其中有 5 个标记偏 离哈迪-温伯格平衡，有 2 个标记可能存在零等位基因，27 对标记间存在连锁不平衡。本 研究开发的多态性 EST-SSR 标记，将为今后华鳈的群体遗传学和基因组学奠定基础。75620
毕业论文关键词: 华鳈，表达序列标签，微卫星标记，多态性
Abstract: In this study, 30 multi-repeat microsatellite sequences including 6 tri-, 12 tetra-, 9 penta- and 3 hexa-nucleotid repeats were selected from transcriptome EST sequence based on a cDNA libary of Sarcocheilichthys sinensis sinensis Bleeker。 Primers were designed and polymorphism were characterized in a test population with 30 inpiduals。 The results showed that all the 30 selected loci could amplify clear bands, with an amplification success rate of 100%, and 83。3% (25 loci) of the 30 loci were polymorphic。 Eight of the 25 polymorphic loci were randomly selected and characterized in the test population, the results indicated that the number of alleles ranged from 3 to16; the observed heterozygosity (Ho) was from 0。423 to 0。895, with an average of 0。693; and the expected heterozygosity (He) was 0。4-0。933, with 0。617 averagely。 Five markers deviated Hardy-Weinberg equilibrium, and null allele may exist in two markers。 In addition, linkage disequilibrium were detected between 27 marker pairs。 The polymorphic EST-SSR markers developed in this study laid a foundation for further studies on population genetics and genomic research of S。 sinensis sinensis Bleeker。
Keywords: Sarcocheilichthys sinensis sinensis Bleeker, EST, Microsatellite marker, Polymorphism
目 录
1 前言 5
2 材料与方法 6
2。1 华鳈 DNA 的提取 6
2。2 EST-SSR 引物设计与合成 7
2。3 多态性引物筛选 9
2。4 数据分析 10
3 研究结果 11
4 讨论 11
5 结论 12
参考文献 13
致谢 14
华鳈多态性 EST 微卫星标记的筛选
1 前言
华鳈隶属于鲤科，鮈亚科，鳈属[1]。分布很广泛，在平原地区的江河、湖泊均有分布。 一般生活在水流缓慢的中下层水体，用下颌刮食附着在砾石上的底栖无脊椎动物、着生藻 类及植物碎屑。5-6 月为其繁殖季节，粘卵性。成鱼能长至 20 厘米。华鳈肌肉中常量和 微量元素丰富，具有较佳的口感，较好的营养价值和保健价值[2]。华鳈是小型鱼类，体色 鲜艳，易饲养，一般作为观赏类鱼，对于其研究还主要处于形态学水平和细胞水平[3]，分 子水平的遗传分析研究甚少。本文主要是对华鳈分子遗传水平进行初步研究。论文网
表达序列标签( expressed sequence tag，EST) [4]是指通过对 cDNA 文库随机挑取的 克隆进行大规模测序所获得的 cDNA 的 5' 或 3' 端序列，反映 mRNA 的信息。在功能基因 的筛选和遗传图谱构建等工作中具有重要意义。大量的 ESTs 数据为 SSR 标记的开发提供 了一个十分便捷的来源，既节省了传统开发 SSR 所需要的人力物力，又为功能基因提供 信息。 华鳈多态性EST微卫星标记的筛选:http://www.youerw.com/shengwu/lunwen_86592.html