Trihelix30 Os11g06410 3，091，513 483 55062。9 6。7117

Trihelix31 Os12g06640 3，218，983 432 48773。1 6。5865

图 1  Trihelix家族特征结构域在水稻中的保守性分析

Fig。1  The conserved amino acids analysis of Trihelix characteristic domain in rice

序列中不同位点氨基酸的堆叠高度表明该位点的保守程度，堆叠中单一氨基酸的高度显示该种氨基酸在该位置的相对频率。红色三角显示保守核心氨基酸Trp(W)-1、Trp(W)-69和Cys(C)-102。

3。1。2 Trihelix转录因子家族的进化分析

   对水稻31个Trihelix转录因子进行聚类分析，结果显示，水稻Trihelix基因家族分成5个亚家族（Ⅰ-Ⅴ）（图 2），其中亚家族Ⅰ、Ⅱ在亲缘关系上更为相近。同样的方法，分析Trihelix转录因子家族在拟南芥、二穗短炳草和高粱等3个物种中的进化关系，通过分析结果构建出来的系统进化树中，同样的使Trihelix被分成5个亚家族（Ⅰ-Ⅴ）（图3）。经过分析，水稻以及其他植物中的Trihelix基因不属于各自聚类而独立进化，而是每个亚家族都包含了各个植物中的Trihelix成员，而且每个亚家族的Trihelix成员具备着相似的螺旋结构域。这就说明，在这些物种分化之前，这些Trihelix基因自身就发生了分化。论文网

图 2水稻Trihelix家族基因的进化树分析

Fig。2 The phylogenetic tree of rice Trihelix family genes

系统进化树采用邻接法由MEGA 5。0程序构建，Bootstrap值设置为1000。

图 3水稻、拟南芥、二穗短柄草和高粱中Trihelix转录因子基因家族进化分析

Fig。3 The phylogenetic tree of Trihelix family genes of rice, Arabidopsis, Brochypodium distachyon, and Sorghum。

黑色三角代表水稻Trihelix家族基因；红色圆形代表拟南芥Trihelix家族基因；绿色方形代表二穗短柄草Trihelix家族基因，蓝色棱形代表高粱Trihelix家族基因

3。1。3 水稻Trihelix转录因子的保守基序分析

   利用MEME软件对水稻31个Trihelix转录因子进行了基序分析，结果显示，水稻中大部分的Trihelix包含有其独有的结构域基序1和2，而Trihelix25是属于比较独特的分支。另外，还存在有一些比较保守的基序（表2）。Trihelix9、30、31这些亲缘性较高的转录因子中都含Motif 21基序。同时，将Trihelix30与Trihelix31相比较发现，Trihelix30的N末端多出Motif 25基序，其余部分是有着相同的基序分布的。该研究结果显示，在水稻中对Trihelix转录因子基序的分析，和进化树的分析结果具有极高的对应性。

表格 2  水稻Trihelix转录因子的保守基序

Table 2 The conserved motifs of rice Trihelix transcription factors

序号(a) 氨基酸数 基序序列

1 29 CWRHGYNRSPQQCKNKWNNLNKYYKKVKE

2 15 PCWTHQETLALIDAW

3 13 STCPYFHEMCRYY

4 79 FFEGLMRQVMERQEAMQRRFLETMEKREQERTIREEAWRRQEVARLNREQEQLAQER来`自+优-尔^论:文,网www.youerw.com +QQ752018766-SRDAAIISFLQRIGGQSI 植物TRIHELIX转录因子的进化分析及其功能探究(7):http://www.youerw.com/shengwu/lunwen_90554.html