摘 要：本文主要使用生物信息学方法，对水稻全基因组ARF家族基因进行结构域分析、进化树分析、保守性结构域、在不同组织中基因的表达情况以及水稻的根茎组织对一些激素的响应情况和ARF转录因子家族在水稻、短柄草、玉米和高粱中的亲缘关系等方面进行了详细的分析。总共在水稻鉴定出了27个ARF类型基因，蛋白大小在524aa到1139aa之间。ARF基因从基因结构上分析表明具有一定的高度同源性，而且均含有核心保守结构域。这些结果为水稻ARF基因的克隆和生物学功能的研究奠定了坚实的基础。81948
毕业论文关键字：水稻，ARF基因家族，生物信息学，基因分析
Abstract: Auxin response factor（ARF）is an important transcription factor for auxin singnal transduction pathway。 In order to identify the function of cutton auxin response factor,some bioinformatics methods were used to analyse ARF gene sequence, including domain analysis, phylogenetic tree analysis, conserved motifs, tissue expression, and the homologous relationship of ARF transcription factor family among rice, brochypodium distachyon and sorghum bicolor were researched by bioinformatics method。 A total of 27 ARF genes were identified in rice, protein amino acid number between 524aa to 1139aa。 ARF genes have high conserved motif on analysis of genetic structure, and each gene has a certain linear relationship。 These results for the cloning of rice ARF family genes and laid a solid foundation for the study of the biology function。
Keyword: rice, ARF family genes, bioinformatics, genetic analysis
目 录
1前言 6
1。1 生长素 6
1。1。1生长素浓度对植物的影响 6
1。1。2 地球引力对植物生长素分布的影响 6
1。2 转录因子 7
1。2。1 转录因子家族的分类 9
1。2。2 ARF转录因子家族 9
1。2。3 ARF的作用机理 10
2 材料与方法 10
2。1 ARF基因家族数据获取与鉴定 10
2。2 ARF保守结构域的鉴定与分析 10
2。3 蛋白质保守序列的比对和ARF蛋白系统进化树的构建 11
2。4 ARF基因家族所在染色体区段在不同物种中的复制分析 11
2。5 水稻不同组织中的ARF基因家族表达分析和水稻根茎组织对不同激素的响应分析 11
3 结果与分析 11
3。1 水稻ARF基因家族的鉴定 11
3。2水稻ARF基因家族的进化分析以及不同物种的ARF基因家族综合进化分析比较 13
3。3 水稻ARF家族蛋白结构分析 16
3。5 ARF转录因子家族在水稻和高粱、玉米之间染色体区段复制分析 17
3。6 ARF转录因子家族在水稻的不同组织中表达模式的分析 19
3。7 水稻根茎组织中的ARF基因家族在六种激素下的响应机制 20
结 论 22
参 考 文 献 23
致 谢 水稻ARF转录因子家族生物信息学分析及其功能预测:http://www.youerw.com/shengwu/lunwen_95998.html