(三)行政审批体制不顺与统一协调的问题

中央以及地方各级政府实行的某政府机构设置和管理运行机制的一些不足已经成为全面深化行政审批制度改革巨大的阻力。在地方政府的日常管理中一些中央政府部门和省级政府部门职责交叉的问题被进一步放大，部门规章修改滞后于各地实践和我国社会经济发展的需求，现有部门法的立法质量低和固有的利益格局混乱。尤其一些政府部门的自收自支管理的事业单位也把握着行政审批权，产生将行政审批与收费以及政府自身效益直接挂钩的行为，扰乱行政审批管理的秩序。即使在承担同样职能的机构中，一些内部处(科)室设置也会有不同之处，部门整合行政资源和内部业务协同运行缺乏统一指导水平低下，同时审批工作的岗位职责和操作规程不精细，没有明确责任人并且大多行政机构内部管理基础薄弱。各级政府部门在涉及多单位审批事项中没有形成协同审批工作的机制，只把注意力集中在本级及其工作部门，缺乏与上级进行协调审批，人民办事还是比较困难没有得到真正的方便。