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(3)研发技术薄弱。基于资金缺乏、承担风险能力较弱等现状，我国医药企业创新能力明显不足。一方面，现有产品生产技术含量低，产品附加值低，产品雷同率高，在市场上供过于求，企业之间主要依靠打价格战来获得短期竞争优势；另一方面，企业仍以仿制外国药品为主，无法借助拥有自主知识产权的产品提高市场占有率。
(4)药品监管难度大。我国关于医药行业的政策规制和行业标准仍然存在规范统一和完善的空间，现阶段的医药制造企业良莠不齐，部分企业生产假劣药品，扰乱医药市场，行业社会责任有所缺失。医药企业数量众多、产品生产质量差距大加剧了国家有关部门对药品质量以及整个医药市场的管理效益。
面对发展进程中出现的问题，国家有关部门积极出台相关政策，积极加大资金投入。在2005年的医疗卫生体制改革政策下，政府对医药行业进行大力整顿，严厉打击低水平仿制和灰色销售行为，淘汰运作不规范的中小企业，同时加大医疗卫生投入，促进市场扩容，带动医疗消费。国家医药行业“十一五”规划中明确提出，鼓励创新，加强自主知识产权的保护，在市场和政策的导向下，发展形成一批具有国际先进水平的医药企业，促进产业格局的变化，加快产业升级（刘中山，2010）。国家“十二五”规划也明确提出，要加强医药创新体系建设，进一步发挥企业在技术创新体系中的主体作用，坚持原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新相结合（董秀军，2012）。期间国家将发放共计 500 亿的资金投入，在“十一五”期间，政府分三次，投放数额为 66 亿元人民币的资金。2010年10月工信部发布的《关于加快医药行业结构调整的指导意见》中，明确指出“鼓励优势企业实施跨地区、跨所有制的收购兼并和联合重组，促进品种、技术、渠道等资源向优势企业集中（王丽，2011）。在企业并购重组和产业集中的浪潮下，我国医药企业数量明显减少，规模经济水平得到提升。2011年起我国对医药企业推行GMP认证，对药品质量提出更严格的标准，令行禁止无法限期通过包括GMP在内的规范认证的药品和企业进入医药市场，从而提高行业准入门槛，促使中小企业的淘汰或被收购兼并。